遺跡中的發現與石之少女
布拉塔諾博士與記者三色堇在卡洛斯地區一處隱蔽的高山遺跡會合，這裡發現了與卡洛斯神話高度吻合的世紀大發現。遺跡中矗立著一座栩栩如生的少女石像，博士指出這正是傳說中「石之瞳的少女」艾拉。這座石像並非人工雕刻，而是被伊裴爾塔爾奪走生命能量後石化而成的真實人類。透過博士的講述，一段關於古代卡洛斯的悲劇故事就此展開。
詹恩與伊裴爾塔爾的災厄
在遙遠的古代，貧窮的青年詹恩與村長的女兒艾拉相戀。當時預言家瑪吉卡預言毀滅寶可夢伊裴爾塔爾將會降臨並吸收大地生命，村長為了保全村莊，下令詹恩去討伐伊裴爾塔爾，若成功便允許兩人的親事。詹恩帶著烈箭鷹出發，然而艾拉不願詹恩冒險而趕往阻止。就在兩人會合時，伊裴爾塔爾現身並發動攻擊。詹恩雖然奮力反擊，但艾拉為了保護詹恩，不幸被伊裴爾塔爾的攻擊擊中，瞬間化作冰冷的石像。伊裴爾塔爾隨後化為繭進入長眠，周圍的大地也隨之枯萎。
尋找哲爾尼亞斯的漫長旅程
詹恩在失去愛人後悲痛萬分，瑪吉卡告訴他，唯一能讓石化者復原的方法就是尋求生命寶可夢哲爾尼亞斯的力量。詹恩帶著坐騎山羊開始了漫長的尋找之旅，多年後，他發現哲爾尼亞斯被一個自私的領主貝奧拉姆囚禁在私人庭園中。領主企圖獨佔哲爾尼亞斯賦予永恆生命的力量，但見其遲遲不展現奇蹟，竟憤而下令放火焚燒。詹恩不顧自身安危衝入火場阻止，並警告傷害傳說寶可夢將會招來災禍。
基格爾德現身與秩序的守護
就在領主企圖除掉詹恩時，天空雷聲大作，秩序寶可夢基格爾德（50%形態）感應到卡洛斯生態系統的崩壞與人類的貪婪破壞，憤怒地現身。基格爾德展現出壓倒性的力量打敗了領主的士兵，肅清了擾亂秩序的人類。混亂過後，哲爾尼亞斯在詹恩的保護下展現了真正的生命之力，牠將力量灌注於大地，讓焦黑的土地重現生機。儘管大地復甦了，但石化的艾拉依然未能恢復原狀。
生命循環的守護者
詹恩最終領悟到，伊裴爾塔爾、哲爾尼亞斯與基格爾德分別代表了破壞、生命與秩序，牠們共同維持著自然界的平衡與命運循環。詹恩決定留在大地，終其一生守護艾拉的石像與這片土地。晚年的詹恩遇見了一名活潑的小女孩，向她講述了這段跨越千年的傳說。故事最後，布拉塔諾博士與三色堇感嘆，即使時光流逝，這些傳說中的寶可夢依然在世界的某處監視並守護著卡洛斯的和平。