枯葉市的異常停電與雷雲之謎
在一個氣溫極高的日子裡，枯葉市發生了詭異的電力不穩現象，連櫻木研究所的電子刨冰機也無法正常運作。櫻木所長偵測到強大的生物能量與巨大的雷雲，推測傳說中的寶可夢——閃電鳥即將現身。小智和小豪隨即前往港口調查，但小豪從停電範圍侷限在研究所附近以及停電規律像「呼吸」一樣的特點中產生直覺，認為閃電鳥並非待在雷雲中，而是就在附近的無人發電所吸取電力。
發電所的遭遇與意外的聯手
兩人趕到無人發電所，果然發現了正在吸收電力的閃電鳥。此時，為了建立新基地的火箭隊三人組也在此現身。面對實力強大的閃電鳥，火箭隊利用扭蛋機召喚出地面屬性的鑽角犀獸與泥巴魚，由於地面屬性能免疫電屬性招式，讓閃電鳥陷入苦戰。為了捕捉這隻傳說中的寶可夢，小智、小豪與火箭隊破天荒地決定暫時合作，展開一場如同寶可夢集體戰（Raid Battle）般的激鬥。
激戰屋頂與騰蹴小將的成長
戰鬥中途，火箭隊背叛並試圖捕捉皮卡丘，小智留下對付火箭隊，讓小豪獨自追擊飛往屋頂的閃電鳥。小豪指揮沙漠蜻蜓與騰蹴小將配合，在空中展開華麗的連攜攻擊。為了縮短攻擊距離，小豪靈機一動讓沙漠蜻蜓使用「流星群」作為踏板，使騰蹴小將能跳躍至高空。在關鍵時刻，騰蹴小將展現出強大的鬥志，成功習得新招式「火焰踢」擊中閃電鳥。小豪趁機投出精靈球，雖然一度將其收入球中，但閃電鳥最終仍憑藉強大的力量破球而出。
傳說的姿態與新的體悟
戰鬥結束後，閃電鳥召喚出雷雲並降下雷電，但這股電力並非攻擊，而是分享給聚集而來的電屬性寶可夢們，皮卡丘也因此恢復了活力。閃電鳥隨後優雅地飛離，消失在雷雲之中。回到研究所後，大家討論著「是先有雷雲還是先有閃電鳥」的哲學問題。雖然小豪沒能成功收服閃電鳥，但這次與傳說寶可夢的交手讓他與小智都獲得了寶貴的經驗，對寶可夢的奧秘有了更深一層的體會。