神祕的隱居處與治癒之泉
接續前情，N在守護被電漿團實驗利用的寶可夢時受了重傷。此時，兩位神祕女性海蓮娜與巴貝娜現身，引導小智、艾莉絲與天桐進入一片濃霧籠罩的神祕森林。在森林深處的隱居處，她們利用具有治癒效果的泉水為N療傷。在這裡，小智一行人驚訝地發現海蓮娜與巴貝娜跟N一樣，都擁有能聽見寶可夢心聲的能力。這個隱居處收留了許多曾被人類傷害、對人類失去信任的寶可夢，如受傷的豆豆鴿與四季鹿。
N的過去：魁奇思的虛假理想
在小智等人的追問下，N決定坦白自己的過去。N自幼便被電漿團的創始人魁奇思收養，並被隔離在深山大宅中長大。魁奇思利用N能與寶可夢溝通的能力，欺騙他「人類只會虐待寶可夢」，宣稱電漿團的使命是將寶可夢從人類手中解放，並計畫讓N成為組織的最高領導者。然而，這一切都是魁奇思為了控制傳說寶可夢萊希拉姆而編造的謊言。兩年前，魁奇思在儀式中試圖強行召喚萊希拉姆，導致其憤怒暴走並燒毀了大宅。N在混亂中被海蓮娜與巴貝娜救走，自此開始了流浪旅程，試圖尋找寶可夢與人類共處的真正答案。
人與寶可夢共存的矛盾
聽完N的遭遇後，海蓮娜與巴貝娜表達了極端的一面，她們認為為了寶可夢的幸福，人類與寶可夢應該徹底分開生活。對此，小智堅決反對，他主張雖然世上確實有壞人，但也有許多像他們這樣深愛著寶可夢、想與寶可夢成為夥伴的人。儘管雙方觀念產生分歧，小智與夥伴們仍透過行動展示了與寶可夢之間的深厚羈絆，讓原本戒心很強的寶可夢們開始稍微卸下心防。
電漿團襲擊與霧中的離別
與此同時，電漿團的安吉與布拉德透過阿克羅瑪博士的偵測系統追蹤到了隱居處。布拉德帶領部下發動猛烈攻擊，使用自爆磁怪、臭臭泥與酷豹破壞森林。為了守護傷癒的寶可夢，海蓮娜與巴貝娜指揮沙奈朵與哥德小姐掩護撤退，而小智、天桐與艾莉絲則派出炒炒豬、水水獺、花椰猴與龍頭地鼠挺身對抗電漿團。在混亂的戰鬥中，N見證了小智等人為了保護寶可夢而不顧自身安危的身影。最終，隨著濃霧再次升起，N與兩位女性帶著寶可夢神祕地消失，而原本隱居處的建築與森林也彷彿幻影般消失無蹤，只留下小智一行人在空地上，對N的理想與未來陷入沉思。