意外的重逢與受傷的勇士雄鷹
故事開端，電漿團的成員比安科與內羅正秘密運送著被視為重要研究材料的寶可夢——勇士雄鷹。神祕青年N為了救出被束縛的寶可夢，冒險攔截了運送車輛並成功釋放勇士雄鷹，但在過程中勇士雄鷹的翅膀受了傷，兩者在逃亡中顯得相當疲憊。與此同時，正朝著「白之遺跡」前進的小智、艾莉絲與天桐，在路途中偶然發現了負傷的N與勇士雄鷹。眾人見狀，立刻協助將他們帶往附近的寶可夢中心尋求喬伊小姐的治療。
N的信念與電漿團的突襲
在寶可夢中心，N向小智一行人說明了勇士雄鷹是被電漿團捕獲的受害者，並表達了他對電漿團利用寶可夢作為武器的憤怒。N重申了他的觀點：他深愛寶可夢，但極度討厭讓寶可夢互相傷害的寶可夢對戰。儘管小智試圖解釋自己與皮卡丘之間的夥伴關係，N仍堅持自己的使命是解放被人類利用的寶可夢並讓牠們回歸自然。此時，追蹤而來的比安科與內羅切斷了中心的電源，企圖趁黑奪回勇士雄鷹並逮捕N。
捨身誘敵與勇士雄鷹的感應
為了保護寶可夢中心其他無辜的寶可夢，N提議由他獨自擔任誘餌吸引電漿團的注意力，而小智等人則趁機帶著勇士雄鷹逃往附近的寶可夢保護區。小智等人雖然擔心，但仍決定信任N。然而，當他們到達森林邊緣準備放生時，勇士雄鷹卻表現出極度的抗拒與焦慮。天桐分析出勇士雄鷹是感應到了N正處於危險之中。為了回應這份強烈的羈絆，小智等人決定帶著勇士雄鷹折返回去營救N。
守護同伴的戰鬥與共同旅行的開始
N在森林中被電漿團的貓鼬斬與飯匙蛇包圍，面對敵人的威脅，N依舊堅定地保護著寶可夢。關鍵時刻，勇士雄鷹及時趕到現場，與隨後趕來的小智、艾莉絲一同作戰。小智派出皮卡丘，艾莉絲派出龍頭地鼠，雙方展開激烈交戰。雖然N不認同對戰，但他親眼目睹了小智與皮卡丘之間那種超越單純命令、為了守護同伴而戰的精神。最終，眾人合力擊退了電漿團，勇士雄鷹也傷癒並回歸大自然。經歷此番波折，N對小智等人產生了新的看法，決定與他們一同前往白之遺跡的方向，開啟一段共同的旅程。