土地雲降臨與傳說中的對決
故事延續前情，為了解決龍捲雲與雷電雲在米洛斯島引發的破壞，小智一行人與島上的青年勇人協力，終於成功喚醒了豐收之神——土地雲。雖然土地雲試圖說服並阻止另外兩位神祇的爭鬥，但龍捲雲與雷電雲完全聽不進去，演變成了一場一對二的激戰。在混戰中，牙牙與勇人的哥德小童為了保護彼此而受重傷，勇人及時拿出珍藏的復活草，展現出其驚人的療效，讓受傷的寶可夢瞬間恢復活力，這也讓眾人見識到了復活草強大的生命力。
火箭隊的陰謀與捕獲行動
正當三體傳說中的寶可夢打得不可開交時，一直暗中觀察的火箭隊現身了。武藏、小次郎與喵喵揭露了這一切的始末：破壞石碑並引發混亂是為了同時引出這三體寶可夢，等到牠們戰鬥到疲憊不堪時再一網打盡。塞格爾博士駕駛直升機發射強力的能量束縛網，成功將龍捲雲、雷電雲與土地雲全部困住。面對這種危機，小智、艾莉絲與天桐分別派出石丸子、導電飛鼠與花椰猴發動聯合攻擊。天桐機智地提議不應攻擊牢不可破的能量網，而是攻擊發射能量的直升機本體。最終，眾人的合力攻擊導致直升機受損，塞格爾博士被迫放棄捕獲貨艙以求脫身，三神得以重獲自由。
復甦的土地與重獲生機的米洛斯島
重獲自由的土地雲因先前的攻擊受了傷，勇人命令哥德小童將最後的復活草送達土地雲身邊。服下復活草後，土地雲恢復了全部力量，並透過強大的意志傳遞心聲，終於感化了龍捲雲與雷電雲。三體寶可夢隨後展開合作：龍捲雲降下恩惠之雨，土地雲賦予生命能量，雷電雲則將種子燒製成肥料，在三神的共同努力下，原本枯萎的米洛斯島瞬間長滿了茂盛的復活草。原本虛弱的裙兒小姐與森林裡的寶可夢們也全數康復，島嶼重現了往日的生機。最後，小智一行人帶著勇人贈送的復活草，告別了米洛斯島，繼續朝著帆巴市的道館戰邁進。