與紅豆杉博士之父的邂逅
小智、艾莉絲與天桐在旅行途中，偶遇了紅豆杉博士的父親——介兒博士。介兒是一位專門研究傳說寶可夢捷克羅姆與萊希拉姆的考古學家，他向眾人分享了自己發現一處與「黑色英雄」傳說有關的遺跡，據說那是英雄與捷克羅姆交信的神秘場所。儘管介兒博士說話總是有斷斷續續、讓人誤解的習慣，小智一行人仍對充滿未知與冒險的遺跡感到好奇，決定跟隨他一同進入調查。
遺跡中的重重機關
進入遺跡後，眾人立刻面臨古代人為了防範入侵者所設計的各種陷阱。首先是百足蜈蚣石像的機關，因為介兒博士話沒說完，天桐誤觸陷阱引發巨石滾落，所幸花椰猴及時使用「挖洞」才讓大家躲過一劫。隨後在懸崖吊橋與多重石門的選擇中，眾人也屢次觸發機關，包括致命的牆壁擠壓。在危急時刻，天桐的泥巴魚與艾莉絲的龍頭地鼠分別大顯身手。雖然過程驚險，但介兒博士卻表示這些冒險正是考古研究的樂趣所在。
守護者的憤怒與危機
在抵達遺跡核心的祭壇後，介兒博士發現了極為珍貴的「黃金黑暗石」。儘管口頭告誡小智等人不可觸碰，但介兒博士身為研究者的好奇心戰勝了理智，竟私自將其取走，導致遺跡守護者象徵鳥被徹底激怒，發動了猛烈的サイコパワー（精神力量）攻擊。為了躲避象徵鳥，眾人藏進了像棺材一樣的死神棺體內，艾莉絲甚至不慎被死神棺吞入並纏繞成木乃伊般的狀態。由於介兒博士帶走了黃金黑暗石，憤怒的守護者們將眾人逼入絕境，最終大家一同跌落進遺跡的最深處。
心意相通的奇蹟脫困
在遺跡的地底，介兒博士發現了描述黑色英雄傳說的壁畫。壁畫記載著英雄在絕望的地底與捷克羅姆相遇，並透過心意相通才得以重見天日。當象徵鳥與死神棺群再度包圍眾人時，小智提議效法傳說，大家與寶可夢們真誠地敞開心扉，表達對寶可夢的熱愛。這份誠摯的情感成功平息了守護者們的憤怒，死神棺群主動伸出援手幫助眾人回到地面。最後，眾人將黃金黑暗石歸位，並驚覺遺跡的通道佈局竟拼湊出了捷克羅姆的輪廓。在告別決定留在遺跡繼續調查的介兒博士後，小智一行人再次啟程，而那隻一路跟蹤小智的混混鱷也在此刻悄然現身。