休息時刻的意外失竊
正在前往淺蔥市旅行的小智、小霞與小剛，在森林中稍作休息。小智正興高采烈地展示並擦拭他辛苦獲得的四枚城都聯盟徽章——飛翼徽章、昆蟲徽章、標准徽章以及魅影徽章。然而，一群愛惡作劇的黑暗鴉突然出現，趁著小智不注意時搶走了他的徽章盒。小智立刻派出貓頭夜鷹追擊，但這群黑暗鴉不僅展現了靈活的飛行技巧，還利用「泥巴投擲」與極其快速的「影子分身」成功戲弄了眾人並逃脫。
黑暗鴉的閃亮巢穴
為了奪回徽章，小剛派出大嘴蝠利用超音波進行搜索，最後在一棵大樹上發現了黑暗鴉的巢穴。原來這群黑暗鴉非常喜歡收集閃閃發光的物品，巢穴裡堆滿了各式各樣的戰利品。小智試圖取回徽章，卻再次落入黑暗鴉的陷阱並被弄得灰頭土臉。此時，火箭隊突然現身抓走了皮卡丘，但他們也同樣遭到黑暗鴉群的攻擊，熱氣球被戳破墜落，小次郎珍藏多年的稀有王冠收藏（瓶蓋）也被黑暗鴉搶走，現場陷入一片混亂。
貓頭夜鷹與黑暗鴉的聯手
火箭隊為了報仇並奪回收集品，出動了新型機械「超級黑暗鴉1號」，利用「超音速雙重龍捲風」對黑暗鴉群展開報復，並再次將皮卡丘抓走。面對強大的機械，原本四散的黑暗鴉群陷入危機。關鍵時刻，小智的貓頭夜鷹展現了過人的領袖特質，牠不但沒有記恨先前的惡作劇，反而指揮黑暗鴉群展開團隊合作。在貓頭夜鷹的戰術引導下，黑暗鴉群發揮了驚人的團隊默契，成功擾亂了火箭隊機械的運作。
團隊合作的勝利
黑暗鴉群與貓頭夜鷹配合無間，導致火箭隊的機械內部發生短路並故障。小智抓準機會救回皮卡丘，並命令皮卡丘發動「十萬伏特」給予火箭隊最後一擊，將他們再次打飛到遠方的天空。戰鬥結束後，黑暗鴉主動將魅影徽章還給了小智。這場意外讓小智深刻體會到團隊合作的重要性。最後，小智一行人與這群不再調皮的黑暗鴉告別，繼續朝著下一個目的地淺蔥市前進。