小智與夥伴們的混亂留守生活
庫庫伊博士因為要與研究夥伴開會，留下小智獨自在留守。充滿幹勁的小智決定在博士出門後進行特訓，然而一連串的意外接踵而至。由於木木梟不小心打翻了食物，小智在洛托姆圖鑑的指導下嘗試做家事，卻在洗衣服時手忙腳亂，甚至在挑戰烹飪時因為操作不當引起小型火災，導致家裡的食物存貨告罄。無奈之下，小智只好帶著皮卡丘、洛托姆和木木梟前往阿羅拉地區規模最大的購物中心採買補給品。
在購物中心的巧遇與危機
小智在購物中心遇到了同樣來逛街的同班同學馬瑪內，以及他的搭檔托戈德瑪爾。熱愛數據分析的馬瑪內向小智展示了他開發的托戈德瑪爾養成程式。就在大家準備享受美味的限量冰淇淋時，潛入購物中心打工的火箭隊（武藏、小次郎與喵喵）正圖謀偷走設施內的寶可夢。在嘗試駭入警備系統時，火箭隊不慎觸發了系統誤觸，導致購物中心的防火鐵門全數關閉，將小智、馬瑪內與他們的寶可夢分隔在兩端。
克服恐懼與黑暗的挑戰
購物中心的電力隨後被切斷，整座建築陷入黑暗。馬瑪內展現出他極度怕黑的弱點，但在小智的鼓勵與安撫下，馬瑪內決定利用他的電子技術長才來解決危機。與此同時，被隔離在另一邊的皮卡丘與托戈德瑪爾遭遇了火箭隊的迷擬Ｑ。面對強大的對手，寶可夢們陷入了苦戰。小智與馬瑪內則分秒必爭地穿梭在通風管與走廊中，試圖前往配電室重啟系統。
技術與戰術的完美結合
當雙方在配電室門前會合時，火箭隊正企圖抓走精疲力竭的皮卡丘。關鍵時刻，馬瑪內冷靜地分析局勢，要求小智下令皮卡丘對著托戈德瑪爾使出「十萬伏特」。托戈德瑪爾利用避雷針特性吸收了電力，並將其轉化為能量，使出威力加強版的「麻麻刺刺」成功擊退火箭隊。就在火箭隊要撤退之際，穿著熊再次現身，將他們強行帶走。
溫馨的休假日收尾
風波平息後，馬瑪內成功重新啟動了系統，所有受困的顧客平安獲救。庫庫伊博士隨後趕到購物中心與小智會合，並稱讚他們在危機中的表現。為了補償混亂的一天，博士邀請馬瑪內一起前往瑪奧家的愛納食堂享用大餐。小智與馬瑪內在這次的冒險中建立了更深厚的友誼，為這個充滿驚險與歡笑的休假日畫下了圓滿的句點。