意外的重逢與惡作劇的開端
在前往飛雲市的旅途中，小智一行人在郊外空地稍作休息。滑滑小子與牙牙正進行著對戰練習，雖然牙牙仍無法成功使出「龍之怒」，但兩隻寶可夢的默契正逐漸提升。正當天桐準備好餐點時，小智和皮卡丘卻意外掉進了一個深坑陷阱。原來，那隻戴著太陽眼鏡、一直追隨小智的野外黑眼鱷再次出現，並向皮卡丘發出挑戰。然而，對戰尚未正式開始，三隻愛惡作劇的鴨寶寶突然現身，不僅搶走了黑眼鱷視為珍寶的太陽眼鏡，隨後還奪走了小智的帽子，讓場面陷入混亂。
失去太陽眼鏡的危機與鴨寶寶的戲弄
失去了太陽眼鏡的黑眼鱷瞬間變得膽小怕事，完全喪失了戰鬥意志。艾莉絲試圖派出龍頭地鼠幫忙，但龍頭地鼠依然縮成一團不願聽從指揮。這群鴨寶寶行為惡劣，不斷交替使用招式「熱水」與「急凍光線」戲弄小智和黑眼鱷。天桐與艾莉絲隨後趕到，卻也遭到鴨寶寶的攻擊。這群鴨寶寶利用水屬性招式的特性，甚至故意讓皮卡丘的電系招式擊中自己所噴出的水流，藉此產生水蒸氣來遮蔽視線，讓小智一行人陷入苦戰。
皮卡丘領悟新招式與黑眼鱷的進化
在被鴨寶寶們逼入絕境的關鍵時刻，皮卡丘在小智的鼓勵下激發了潛能，竟然在戰鬥中領悟了新招式「電球」。強大的電系能量球成功擊潰了鴨寶寶三人組的防線，眾人終於奪回了太陽眼鏡與帽子。找回太陽眼鏡的黑眼鱷重新振作，並因為剛才激烈的過程累積了足夠的經驗，在眾人驚訝的目光中進化成了混混鱷。進步後的混混鱷力量大幅提升，立刻再次向皮卡丘發起它夢寐以求的決鬥。
宿命的對決與未來的旅程
混混鱷與皮卡丘展開了一場高水準的戰鬥，混混鱷使出強力的「尖石攻擊」，而皮卡丘則以剛學會的「電球」正面迎擊。兩股強大的能量產生了劇烈的爆炸，這場戰鬥最後以平手收場。混混鱷雖然沒有獲勝，但似乎對這場戰鬥感到滿意，並將皮卡丘視為真正的勁敵後暫時離開。皮卡丘學會了強力的「電球」，為即將到來的飛雲道館賽增添了極大的勝算，小智一行人也帶著新的自信，繼續邁向接下來的冒險。