利歐路的活躍與皮卡丘的落寞
故事開端，小智在寶可夢世界錦標賽中指揮利歐路擊敗了電擊獸，世界排名上升至901位。賽後，皮卡丘展現出強烈的鬥志，渴望能參與接下來的正式對戰，但小智此時一心只想著提升利歐路的實力。回到櫻木研究所後，小智隨即展開高強度的特訓，先後派出大蔥鴨與大針蜂與利歐路對戰。皮卡丘在一旁苦苦等待上場的機會，甚至等到睡著了，小智卻依然只關注著利歐路的成長，完全忽視了皮卡丘的心情，這讓皮卡丘心中積壓了許多不滿與委屈。
花子的造訪與皮卡丘的醋意
就在此時，小智的媽媽花子突然來到研究所。她在用餐期間敏銳地察覺到皮卡丘正在「吃醋」，並向小豪與小春分享了小智與皮卡丘最初在真新鎮相遇的往事，提到兩人如何從一開始的生疏到成為最親密的夥伴。當晚，皮卡丘沒有像往常一樣回到小智的房間，而是選擇留在花子身邊尋求安慰。花子溫柔地安撫皮卡丘，並唱起了懷念的搖籃曲。儘管花子提醒小智要注意皮卡丘的情緒，但熱衷於對戰的小智仍未察覺到嚴重性。
離家出走：皮卡丘與魔牆人偶的冒險
隔天清晨，花子啟程返回真新鎮。小智在送行後，再次因為要與利歐路特訓而忽視了皮卡丘。這讓皮卡丘忍無可忍，決定獨自離開研究所，踏上回真新鎮的路。魔牆人偶擔心皮卡丘的安危，隨即跟了上去。兩人在路途中幸運地遇到好心的司機讓牠們搭便車，一路上皮卡丘心中既有對小智的氣憤，也有著思念。與此同時，在研究所的小春嚴厲地指責小智完全不了解皮卡丘的心情，小智這才驚覺自己的疏忽，急忙趕往真新鎮尋找皮卡丘。
真新之風中的和解
當皮卡丘與魔牆人偶終於抵達真新鎮時，皮卡丘站在家門口卻顯得有些遲疑。就在這時，氣喘吁吁的小智及時趕到。小智誠懇地向皮卡丘道歉，坦承自己因為過於熱衷特訓而忽略了牠的感受，並強調皮卡丘在他心中永遠是最特別、不可替代的拍檔。皮卡丘感受到小智的真心，最終跳入小智的懷抱，兩人和好如初。當晚，小智與皮卡丘在媽媽花子的搖籃曲中，伴隨著真新鎮的微風安穩入睡，重拾了彼此最深厚的羈絆。