挑戰飛雲道館
為了獲得第三枚道館徽章，小智、艾莉絲與天桐來到了飛雲道館。這座道館內部宛如一座巨大的溫室植物園，道館館主亞堤為了讓蟲屬性寶可夢有最舒適的環境，特別將矢車森林的部分樹木移至此處。在充滿綠意的環境中，小智與亞堤展開了三對三的道館賽。
第一場對決：暖暖豬對抗石居蟹
亞堤首先派出石居蟹。雖然天桐也有一隻石居蟹，但亞堤這隻所背負的岩石異常輕巧，這讓牠的動作極為敏捷，且配合「守住」與「挖洞」讓小智陷入苦戰。儘管小智派出的暖暖豬嘗試以「蓄能焰襲」反擊，但亞堤利用輕巧的身手巧妙誘敵，最終以近距離的「岩石炮」擊敗了暖暖豬。
蟲寶包的進化與奮戰
隨後，小智派出了在矢車森林收服的蟲寶包。這隻蟲寶包展現出極強的韌性，利用「吐絲」在場地中靈活移動。在一番激鬥後，蟲寶包擊敗了石居蟹。接著，亞堤派出車輪球，面對強大的對手，蟲寶包在陷入困境時發出光芒，進化成了寶包繭。進化後的寶包繭領悟了新技能「能量球」，成功擊敗了強敵車輪球。
守護神保母蟲登場
亞堤最後派出了道館的守護神——保母蟲。保母蟲展現了壓倒性的力量，小智為了突破困境，採取了讓寶包繭對著自己使用「葉快刀」來切斷纏繞絲線的奇招，雖然展現了鬥志，但寶母繭仍不敵保母蟲強大的「破壞光線」而失去戰鬥能力。而在比賽進行的同時，火箭隊三人組收到了首領坂木讓他們「自由行動」的指令，武藏與小次郎決定繼續追捕皮卡丘，小次郎更在途中收服了新的夥伴哭哭面具。
最終決戰：皮卡丘的智慧勝出
小智最後剩下的寶可夢是皮卡丘。保母蟲利用「吐絲」封鎖了皮卡丘的尾巴，導致皮卡丘失去平衡無法準確瞄準。面對「飛葉風暴」的不斷襲擊，小智靈機一動，命令皮卡丘利用旋轉的方式衝入風暴中，藉此震開纏繞的絲線與攻擊。重獲自由的皮卡丘恢復了速度，接連使出「十萬伏特」與「鐵尾」重創對手，最後以完美的「電球」擊敗了保母蟲。小智最終贏得勝利，順利拿到了第三枚徽章——甲蟲徽章。