前往飛雲市的必經之路
小智、艾莉絲與天桐三人正朝著下一個道館所在地「飛雲市」前進。在抵達合眾地區規模最大的「飛雲大橋」前，小智先透過通訊設備與紅豆杉博士取得聯繫，將新收服的蟲寶包傳送回研究所，並換回了豆豆鴿。正當他們準備橫跨大橋時，遇到了一位對著大橋風景感嘆神往的神祕女性。隨後，橋上突然升起一陣異常濃厚的濃霧，即使君莎小姐派出首席天鵝使用「清除濃霧」招式也無法將其驅散，導致大橋交通完全封鎖。
迷霧中的異世界
不願止步的小智一行人決定強行入霧，卻在途中遭遇了天體寶可夢「哥德小姐」。哥德小姐展現出強大的精神力量阻止他們前進，小智派出藤藤蛇迎戰，但在交手過程中，眾人被一陣強光包圍。當光芒散去後，他們驚訝地發現大橋變回了施工中的樣子，原本的大海則出現了早已停航的「水上巴士」。天桐推測，他們可能受哥德小姐的影響，進入了一個由回憶交織而成的「封閉空間」。
水上巴士的回憶
在回憶的世界中，小智等人遇見了少女時期的莎莉與她的爸爸（船長）。當時的哥德小姐是與莎莉感情極好的夥伴，牠們一起在水上巴士上幫忙招呼客人、販售點心。這份平凡而純粹的時光是哥德小姐心中最珍貴的寶貝。小智一行人意識到，哥德小姐是因為無法接受水上巴士因大橋完工而沒落、並與莎莉離別的現實，才用超能力創造出這個永遠重複的回憶世界，試圖以此留住過去。
離別與現實的接受
為了回到現實世界，小智再次向哥德小姐發起對戰。就在雙方僵持不下時，那位在大橋入口遇見的神祕女性突然出現在回憶世界中——她正是長大後的莎莉。如今已成為醫生的莎莉溫柔地擁抱哥德小姐，並告訴牠，雖然水上巴士的時光不會回來，但那份回憶一直保存在彼此心中，成為前進的動力。哥德小姐感受到莎莉的真心與成長，終於釋懷並解除了幻境。
向著新的冒險邁進
迷霧散去後，大橋恢復了原本宏偉的現代模樣，小智等人也回到了現實。莎莉與哥德小姐再次重逢，兩人都決定帶著這份珍貴的回憶繼續在各自的人生道路上努力。在與莎莉告別後，小智、艾莉絲與天桐正式踏入充滿高樓大廈的飛雲市，準備迎接下一個道館賽的挑戰。