抵達馬可特島
小智、小霞與小建一行人搭乘乘龍抵達了以豐富蟲屬性寶可夢聞名的「馬可特島」。對蟲屬性寶可夢極度恐懼的小霞感到焦慮不安，而身為寶可夢觀察家的小建則興奮不已。小建派出毛球與瑪力露，利用牠們卓越的偵測能力與聽力，帶領大家在森林中觀察蟲屬性寶可夢的生態。
邂逅孤傲的戰士
在森林深處，毛球發現了一隻傷痕累累的飛天螳螂。這隻飛天螳螂雖然虛弱，卻依舊散發著強烈的戰鬥意志，拒絕他人的接近。為了救治牠，小智原本想直接收服並送往寶可夢中心，但小建觀察到飛天螳螂的自尊心極強，決定由自己負責。小建指揮毛球使用睡眠粉，成功讓飛天螳螂陷入沉睡並收進精靈球，隨即前往寶可夢中心急救。
領袖的落敗與尊嚴
喬伊小姐透露，這隻飛天螳螂曾是島上飛天螳螂族群的領袖，但在與年輕挑戰者的頭目爭奪戰中落敗，根據族群規則必須離開群體獨自生活。小建聽聞後感到自責，認為自己未經戰鬥就收服了牠，傷害了身為戰士的飛天螳螂的自尊。小智則提議，等傷好之後讓牠回去進行復仇賽。大木博士也透過視訊提醒小建，要理解寶可夢的本能與意志。
火箭隊的邪惡計畫
與此同時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵不幸落入飛天螳螂族群的領域。武藏視為生命的柔順長髮意外被飛天螳螂割斷，讓她憤怒爆發。火箭隊決定實施報復計畫，利用黏膠飛彈大規模捕捉整個飛天螳螂族群，企圖將牠們收編為武裝部隊。受傷的飛天螳螂感應到族群遭受威脅，不顧傷勢尚未痊癒，執意衝出寶可夢中心前去救援。
戰士榮耀的回歸
當小智一行人趕到現場時，飛天螳螂族群已被火箭隊困住。原本大家想上前幫忙，但小建阻止了小智，他明白這是飛天螳螂重拾尊嚴的關鍵一戰。在小建的精確指揮下，老飛天螳螂使出「劍舞」與「影子分身」，展現出老練的戰鬥技巧，接連擊敗火箭隊的阿柏怪、雙彈瓦斯、大食花與大舌頭。最後配合皮卡丘的十萬伏特，成功擊飛火箭隊並解救了族群。
心靈相通的夥伴
戰鬥結束後，新的領袖帶領族群向老領袖致意，象徵著對這位戰士尊嚴的認可與和解。飛天螳螂也終於認同了小建這位夥伴，決定加入他的隊伍。小建在小智的指導下，擺出帥氣的姿勢再次宣告「收服飛天螳螂」，一行人帶著新的夥伴，繼續前往南十字星所在的島嶼，展開新的冒險。