錯過定期船的轉機
小智、小霞與小剛回到赤岩島後，一心想盡快回到淺蔥市與道館館主蜜柑進行正式的道館對戰。然而，他們卻不慎錯過了當天最後一班定期船。正當眾人苦惱時，一位名為隼的老先生出現，並建議他們前往由他經營的「咕咕航空」。隼先生不僅是該航空公司的社長，也是資深的首席飛行員。他豪爽地表示，只要小智一行人願意幫忙照顧機場內眾多的寶可夢，他便願意免費載大家前往淺蔥市。在志向成為寶可夢培育家的小剛帶領下，眾人順利完成任務，並登上了隼先生視如珍寶的老舊水上飛機「咕咕號」。
風暴中的空中救援
咕咕號在航行途中遭遇了惡劣的天氣，海面上掀起陣陣暴風雨。此時，同樣在空中受困的火箭隊出現在眾人面前，並向小智求救。隼先生秉持著「在天空飛行的都是夥伴」的信念，決定不計前嫌地救起火箭隊。然而，由於咕咕號機齡已高，飛機的兩個引擎在強風中開始鬆脫。小智緊急派出妙蛙種子與月桂葉，利用藤鞭固定住搖搖欲墜的引擎，小霞也派出蚊香君與海星星使用水槍調整機首角度，在眾人合力之下，飛機才勉強維持飛行。
胖丁的歌聲與貓頭夜鷹的協力
正當危機稍微緩和時，胖丁突然出現在機艙內並開始演唱催眠曲，導致機上所有人和寶可夢陷入沉睡，飛機頓時失去控制。就在咕咕號即將撞上淺蔥市名產的大絕壁時，隼先生那隻一直處於沉睡狀態的年邁夥伴「貓頭夜鷹」感應到危機而甦醒，並與小智的貓頭夜鷹共同發揮力量，引導飛機避開險境。此外，皮卡丘也利用十萬伏特引導閃電，在光輝燈塔的明亮光芒引路下，咕咕號終於突破了重重的暴風雨圈。
平安抵達與未來的挑戰
經歷了一場驚心動魄的空中冒險後，咕咕號終於平安降落在淺蔥市的海面上。火箭隊在混亂中從飛機底部的破洞掉落海中，而小智一行人則在岸邊與前來迎接的小奈、蜜柑以及恢復健康的電龍「阿光」會合。看到蜜柑與阿光都充滿精神的樣子，小智也燃起了鬥志，準備迎接期待已久的淺蔥道館賽，挑戰強大的鋼鐵系寶可夢。