抵達森林中的寶可夢中心
小智、小光與小剛在前往百代市的途中，來到了一間外觀獨特的寶可夢中心。在那裡，他們遇見了喬伊小姐的一對女兒——莎也加與麻衣。這兩位志願成為喬伊的小女孩正努力幫忙母親打理中心的事務。小智一行人也決定留下來協助，體會寶可夢中心的日常工作。期間，莎也加利用飄飄球幫忙運送便當給在發電所工作的父親一夫，而麻衣則帶著小智去森林裡分發餅乾給野生的寶可夢。
麻衣的神祕朋友與水君傳說
在森林中，年幼的麻衣告訴小智，她和姐姐莎也加曾在森林裡與一位既高大又帥氣的神祕朋友玩耍，她聲稱那就是傳說中的寶可夢「水君」。雖然水君是極其罕見的傳說寶可夢，但麻衣對此深信不疑。與此同時，火箭隊盯上了一夫先生身邊的電龍，企圖將其奪走獻給老大當作「照明工具」。
突如其來的風暴與失蹤事件
火箭隊的突襲引發了爆炸，導致發電所供電中斷，並引發了區域性的停電。屋漏偏逢連夜雨，森林中颳起了強大的陣風。麻衣擔心父親與姐姐的安全，想模仿姐姐操控飄飄球前往發電所，卻不慎與皮卡丘一起被強大的氣流吹落，消失在狂風暴雨中。小智為了救回他們，奮不顧身地抓著另一隻飄飄球追了上去，而其他人也隨後趕往岩山一帶進行搜救。
北風使者的奇蹟降臨
小智在雨中找到了受困的麻衣與皮卡丘，但風暴使得山區的地形變得極其險峻，眾人被斷掉的木橋阻隔。就在這危急時刻，莎也加全心祈求傳說中的北風使者相助。令人驚訝的是，水君真的出現在濃霧之中，牠展現了神聖的力量，平息了風暴並救助了受困的眾人。最終，在水君的守護下，麻衣與小智平安歸來。經歷這次不可思議的冒險後，小智一行人告別了喬伊一家，帶著對寶可夢神祕力量的敬畏，繼續踏上旅程。