意外的相遇與火之石的任務
小智、小霞與小剛在前往淺蔥市的旅途中，意外遭遇山路落石的危險。就在千鈞一髮之際，兩隻英勇的風速狗馱著兩名年輕人出現，救下了眾人。這兩名救命恩人是晴香與裕貴姐弟，他們的工作是與風速狗夥伴一起跨越險峻地形遞送物資。這次他們負責運送的包裹極其重要，是準備提供給即將舉行的「火屬性寶可夢大賽」作為獎品的火之石。小智對英姿颯爽的風速狗深感著迷，在裕貴的指導與教練下，小智開始練習如何騎乘風速狗，並學習與其協調動作。
火箭隊的突襲與陷阱
正當練習進行時，火箭隊駕駛著火箭型機械突襲，利用強力的機械手臂奪走了火之石與皮卡丘。晴香與裕貴立刻指揮風速狗施展「神速」進行追擊，火箭隊則卑劣地挖掘了多處深坑陷阱。追逐過程中，小智一行人被迫分開。武藏利用偽造的包裹誘騙裕貴進行對戰，雖然在戰鬥中小智的皮卡丘表現優異，但火箭隊卻不遵守約定，利用防電性的囚籠抓住了皮卡丘，並導致裕貴在混亂中受傷。火箭隊帶著戰利品暫時撤退，計畫變賣火之石來發財。
小智與風速狗的同心協力
由於裕貴的手受傷無法繼續騎乘，但火之石必須在隔天清晨前送到大賽現場，否則將延誤盛事。小智主動提出代替受傷的裕貴完成任務。在追蹤過程中，小智起初無法完全駕馭風速狗的驚人速度，但在裕貴「心意相通」的建議下，小智閉上雙眼感受風速狗的呼吸與節律，最終成功與風速狗達成默契。風速狗憑藉靈敏的嗅覺找到了正在慶祝的火箭隊。與此同時，小剛也利用大岩蛇的力量幫助小霞與晴香脫困，眾人陸續趕往現場會合。
奪回寶物與圓滿達成
在最後的對峙中，火箭隊試圖頑強抵抗，但在小智與晴香兩名風速狗騎手的包抄下，風速狗展現了強大的「火焰旋渦」與撞擊威力，成功救回了皮卡丘並奪回火之石袋。最後，皮卡丘以一記「十萬伏特」配合風速狗的衝刺將火箭隊擊飛到天際。黎明時分，眾人終於將火之石平安送抵城鎮，完成委託。晴香與裕貴對小智的勇氣與進步表達了誠摯的感謝，雙方在清晨的陽光下告別，小智一行人也帶著滿滿的動力，繼續朝著淺蔥市邁進。