小智一行人遇見鎧甲寶可夢「頓甲」
小智、小霞與小剛在前往下一個道館所在地「桔梗市」的旅途中，來到了一片廣大的山谷。就在此時，他們突然遇見了一隻「頓甲」。小智與小剛都想收服這隻充滿魅力的寶可夢，小剛注意到這隻頓甲的象牙較短，認為是值得培育的新手，於是率先派出大岩蛇與其對戰，沒想到卻被頓甲強大的力量擊退。正當小智派出赫拉克羅斯準備接手戰鬥時，一位名叫柊子的少女出現並阻止了他們，原來這隻頓甲並非野外寶可夢，而是她所養育的。
火箭隊的「多多頓甲作戰」
柊子向眾人解釋，她胸前佩戴的「瑪瑙」是當地村莊的特產，而她訓練的頓甲具有尋找瑪瑙礦石的特殊能力。與此同時，偽裝成森林巡邏隊的火箭隊三人組（武藏、小次郎與喵喵）聽到了這個傳聞，心生歹念想利用頓甲發大財。他們趁隙抓走了柊子最年輕的一隻頓甲，並試圖脅迫牠尋找瑪瑙。然而，這隻年輕的頓甲尚在訓練階段，根本無法順利找到礦石，讓掘土掘得精疲力竭的火箭隊大感挫折。
激烈的奪回戰與頓甲的真實本領
為了找回被搶走的頓甲，小智一行人協助柊子展開搜救。柊子利用笛聲召喚出其他的頓甲群，並根據群體的指引成功鎖定了火箭隊的位置。面對火箭隊的頑強抵抗，小剛的大岩蛇雖然不慎中了「睡眠粉」而失能，但在小霞的蚊香蝌蚪、小智的赫拉克羅斯與皮卡丘的合力打擊下，火箭隊再次被打飛。隨後，柊子向小智展示了成年頓甲尋找瑪瑙的驚人本領，原來早前眾人感到的地鳴，正是頓甲在探測地下礦石時發出的震動。
赫拉克羅斯的奮鬥與成長決心
為了報答小智等人的幫忙，柊子答應了小智的請求，進行一場正式的寶可夢對戰。小智派出赫拉克羅斯迎戰柊子身形龐大的成年頓甲。雖然赫拉克羅斯在戰鬥中一度被樹汁吸引而分心，但仍展現出強悍的鬥志。最終，這隻訓練有素的頓甲憑藉強大的「滾動」攻擊贏得了勝利。雖然落敗，但小智與赫拉克羅斯都從這場高水準的戰鬥中獲益良多，並約定要一起努力修行變得更強。帶著這份決心，一行人繼續踏上前往桔梗市的旅程。