無人的鬼城與爆炸危機
在告別拉普拉斯後，小智、小霞與小建抵達了碰碰柑島的港口，原本打算從這裡搭乘定期船返回真新鎮。然而，他們發現這座島的城鎮空無一人，宛如一座鬼城，並到處貼著因危險而禁止進入的標誌。在探索過程中，波克比不小心騎上了一隻雷電球，隨後眾人驚恐地發現，整座城鎮竟然被數以百計的雷電球和頑皮雷彈佔領。根據寶可夢圖鑑記載，頑皮雷彈只要受到些微刺激就會引發大爆炸，小智一行人隨即陷入了連環爆炸的威脅之中。
地鼠使者姜戈登場
正當頑皮雷彈準備引發大規模爆發時，一名自稱「地鼠使者」的男子姜戈及時現身。他指揮著大量地鼠使用「挖洞」絕招，精準地將即將爆炸的頑皮雷彈帶往地下，成功化解了危機。姜戈解釋，這些寶可夢原是島上發明家的實驗對象，逃脫後在島上大增殖。由於生存密度過高，頑皮雷彈因壓力過大而變得極易憤怒爆炸，導致居民不得不集體撤離。姜戈受雇要將牠們引導至廣闊的草原以消除壓力，但他卻在工作途中接到電話，得知委託人因不耐等待而將他解雇了。
火箭隊的暴力清理計畫
接替姜戈工作的竟然是火箭隊，他們帶著由島民出資、專門用來清理頑皮雷彈的秘密機械登場。武藏、小次郎與喵喵宣稱這是「公益事業」，打算利用機械臂強行衝撞頑皮雷彈，誘導牠們爆炸以耗盡體力。這種殘酷且不顧寶可夢安危的做法讓小智感到憤怒，但火箭隊卻持有正式的委託書。火箭隊的機械為了防範電系技能，特別加強了絕緣處理，連皮卡丘的十萬伏特也無可奈何。然而，火箭隊魯莽的行為徹底激怒了頑皮雷彈群，導致牠們集體聚集，城鎮眼看就要毀於一旦。
導向草原與踏上歸途
為了守護城鎮與寶可夢，姜戈決定以專業工作者的身分介入。他派出進化型三地鼠破壞了火箭隊機械的平衡，讓火箭隊自食其果被捲入隧道。隨後，姜戈指揮地鼠軍團在地下開闢了一條通往島內草原的長途隧道，成功將所有頑皮雷彈與雷電球安全地引導至寬廣的新家。在草原上，頑皮雷彈們恢復了平靜，不再亂發脾氣。隨著危機解除，城鎮恢復了往昔的熱鬧，橋樑也修復完成。小智一行人告別了姜戈，終於如願登上了前往真新鎮的定期船，朝著家鄉前進。