【抵達神祕島嶼與彗星傳說】
小智、艾莉絲與天桐在攝影記者三色堇的帶領下，繼續搭乘郵輪前往關都地方，途中抵達了傑可羅拉群島中一座擁有神祕遺跡的島嶼。三色堇告訴大家，今晚是十數年一度的「烏代特彗星」最接近地面的日子，據說彗星現身時，山上的寶可夢會聚集並做出不可思議的行動。在登山前，眾人得知了勇者烏代特的傳說：古時候島上的寶可夢曾集體襲擊人類，直到勇者烏代特出現，引導寶可夢們前往山頂，並在彗星出現之時平息了牠們的憤怒。為了紀念他，人們在山頂建造了對戰場。此時，一名名為阿尼瑪的神祕女子突然出現，並交給小智一枚神祕的獎牌，稱其必有用處。
【對戰場遺跡的幽靈騷動】
一行人抵達山頂的對戰場遺跡時，現場氣氛顯得陰森。火箭隊三人組為了捕捉皮卡丘，喬裝成幽靈系寶可夢躲在石像後方，卻不小心撞倒了勇者烏代特的石像。這項冒犯行為激怒了守護遺跡的真實幽靈系寶可夢——耿鬼、怨影娃娃與黑夜魔靈。牠們利用強大的念力與精神強念控制了火箭隊並發動攻擊。危急時刻，三色堇派出了她的王牌寶可夢「音波龍」使出龍之波動救下眾人。然而，憤怒的幽靈寶可夢依舊窮追不捨，將眾人逼入絕境。
【勇者獎牌的奇蹟與音波龍的實力】
就在幽靈系寶可夢再度發動攻擊時，耿鬼注意到了小智隨身攜帶的勇者獎牌，態度瞬間轉變。透過喵喵的翻譯，眾人才知道這些寶可夢是因為石像被毀而憤怒，且由於小智持有獎牌，被認可為勇者的朋友。在艾莉絲、天桐與火箭隊協力將石像復原後，幽靈寶可夢們終於平息了怒火。隨後，火箭隊死性不改，再度趁隙捕捉皮卡丘，三色堇指揮音波龍展現強大實力，以絕招「爆音波」震碎捕捉籠，最後由皮卡丘使出電球將火箭隊擊飛，再次化解危機。
【彗星之舞與神祕的結局】
深夜，烏代特彗星劃過天際，將夜空染成耀眼的綠色。耿鬼、怨影娃娃與黑夜魔靈在星光下跳起了神祕的「彗星之舞」，以此向過去的勇者致敬，小智一行人也被邀請共同起舞，度過了夢幻的一夜。然而隔天早晨，三色堇發現錄影機完全沒有拍到任何畫面，小智手中的獎牌也消失無蹤。眾人在古書中驚覺，昨晚遇到的阿尼瑪竟然是數百年前與勇者一起生活的夥伴。這場如夢似幻的邂逅，雖然沒留下影像記錄，卻成為了小智旅程中一段難忘的神祕回憶。