坂木的野望與現形鏡的甦醒
在海底神殿中，火箭隊的首領坂木成功利用被俘虜的幻之寶可夢「美洛耶塔」的歌聲，解開了神殿的封印並喚醒了傳說中的神器「現形鏡」。坂木意圖啟動「暴風雨計畫」來征服整個合眾地區。隨著現形鏡的召喚，傳說中的寶可夢龍捲雲、雷電雲與土地雲相繼現身。在現形鏡的神祕力量下，這三隻傳說寶可夢從原本的「化身形態」轉變成了擁有強大自然力量的「靈獸形態」。
合眾地區的英雄們與激烈對戰
為了阻止火箭隊的陰謀，小智、艾莉絲、天桐與神奧地區的冠軍竹蘭，以及美洛耶塔的守護者拉里展開了反擊。竹蘭派出烈咬陸鯊，艾莉絲派出快龍，天桐則與花椰猴一同應戰。在激戰中，艾莉絲的快龍雖然一度陷入苦戰並感到畏懼，但在艾莉絲真誠的鼓勵與保護下，快龍終於感受到訓練家的心意，發揮出最強的實力。小智與皮卡丘也配合肯泰羅與肯候雉展開攻勢，皮卡丘更是在混戰中釋放出驚人的電球能量，成功破壞了囚禁美洛耶塔的裝置。
坂木的精神失控與計畫崩潰
雖然美洛耶塔被小智救出，但現形鏡的力量已經失控。由於失去了美洛耶塔作為平衡精神的媒介，坂木的內心被現形鏡釋放出的邪惡野望所侵蝕，導致他的精神陷入瘋狂，原本征服合眾的目標變成了徹底的毀滅。見到首領陷入危險，火箭隊的三人組（武藏、小次郎與喵喵）不顧危險衝上前救助坂木。最終，在賽格博士的勸告下，坂木恢復了神智，意識到在失去美洛耶塔的情況下無法控制這股力量，下令全體撤退回關都地區。
美洛耶塔的歌聲與最後的離別
雖然火箭隊撤退了，但發狂的龍捲雲、雷電雲與土地雲依然在神殿上方肆虐。為了平息牠們的憤怒，美洛耶塔在現形鏡前再次唱起莊嚴的歌聲，柔和的光芒平息了大自然的怒火，使三隻傳說寶可夢恢復成原本的模樣並重返天際。隨著危機解除，合眾地區恢復了往日的和平。美洛耶塔與守護者拉里也到了該離別的時刻，牠在與小智及水水獺依依不捨地告別後，決定回到森林中繼續平靜的生活，而小智也與美洛耶塔約定，一定會在接下來的合眾聯盟中獲得優勝。