前往睿智湖的旅程
離開雪峰市後，小智、小光與小剛搭乘列車前往睿智湖，準備迎接與真司的六對六全面對戰。在車上，他們遇到了一位自稱「帥哥」的神祕男子。帥哥性格熱情且有些冒失，他慷慨地分享了大量購買的當地名產車站便當給小智一行人，甚至連潛伏在車上的火箭隊三人組也意外地分到了一份餐點。
受阻的鐵道與輔助寶可夢電龍
列車在行駛途中因紅色信號燈突然在荒郊野外停駛。這部列車的特色是利用電路系統結合電氣系寶可夢的電力來提升輸出，而負責協助運行的正是電龍。帥哥察覺信號異常並非機械故障，主動要求與車長一同下車檢查。在調查過程中，帥哥展現了敏銳的觀察力，發現鐵軌轉轍器被人人為移動，目的是將正常列車導向廢棄鐵路，藉此清空軌道以利神祕行動。
火箭隊的突襲與夥伴的分散
火箭隊趁著列車停駛發動攻擊，利用氣球強行奪走皮卡丘、波加曼、小福蛋以及列車上的重要夥伴電龍。在撤退途中，火箭隊因操作失誤導致氣球墜落，這幾隻寶可夢因此與小智等人失散。在森林中，皮卡丘與電龍負擔起保護者的責任，帶領年幼的波加曼和小福蛋躲避野生大嘴雀的威脅，彼此在患難中建立了深厚的友誼與默契。
胡說樹的新招式與帥哥的真實身分
當火箭隊再次追上寶可夢並試圖用強力網袋捕捉時，小智一行人靠著姆克鷹的引導及時趕到。在戰鬥中，小剛的胡說樹展現出強大的鬥志，成功學會了威力驚人的新招式「臂錘」，配合皮卡丘的ボルテッカー（伏特攻擊）將火箭隊徹底擊飛。事件平息後，列車恢復運行，帥哥則獨自留在車廂後方進行祕密通訊。原來他的真實身分是國際警察，正在追查銀河隊在睿智湖一帶運輸神祕物資的行動。帶著解決事件後的輕鬆氣氛，小智一行人繼續朝著與真司對決的目的地前進。