寶可夢傳送系統的異常
小智、小霞與小剛一行人在旅途中抵達了抹茶市。由於長途跋涉，皮卡丘顯得疲憊不堪，於是小智趕緊帶著牠前往當地的寶可夢中心。然而，寶可夢中心正陷入大混亂，喬伊小姐表示電腦傳送系統出現嚴重故障，許多訓練家傳送的寶可夢不僅無法送達，甚至出現被調包或失蹤的情況。此時，傳送系統的開發者——秋葉原博士匆忙現身，雖然他起初極力否認系統有問題，但隨後便神色慌張地離開，引起了小智等人的懷疑。
潛入電腦世界
小智一行人追隨秋葉原博士來到他的研究所，在好奇心驅使下進入了大型傳送機。博士這才坦承真相：火箭隊搶走了他研發的「多邊獸零號機」，並潛入電腦世界（電腦空間）攔截並偷走傳送中的寶可夢球。為了在不破壞系統的情況下解決危機，博士半強迫地將小智等人連同「多邊獸初號機」一起傳送到電腦世界中，希望他們能逮捕火箭隊並修復系統。
電腦空間的激戰與疫苗威脅
進入電腦世界後，小智等人與火箭隊展開對峙。兩隻多邊獸進行了激烈的對戰，展現出「紋理」等變換屬性的特殊能力。與此同時，現實世界的喬伊小姐為了根除系統「病毒」，在中央中心的協助下啟動了強大的「疫苗程式」。對於電腦系統而言，無論是火箭隊還是小智一行人，都被視為必須清除的病毒。疫苗程式化作威力驚人的光束飛彈，對眾人展開無差別攻擊，導致電腦空間發生劇烈震盪。
逃離崩塌的虛擬世界
面對致命的疫苗攻擊，小智等人不得不協助火箭隊一同逃生。在緊要關頭，疫苗程式發射了更強大的指令，就在飛彈即將擊中多邊獸與眾人時，皮卡丘使出了電擊招式（十萬伏特）迎擊飛彈。巨大的爆炸與閃光導致系統出現嚴重錯誤，眾人趁著系統修復前的縫隙，成功回到了現實世界。雖然秋葉原博士的研究所設施在過程中付之一炬，但電腦傳送系統終於恢復正常，寶可夢們也能安全地傳送到訓練家手中。儘管這是一場不為人知的幕後英雄之戰，小智一行人仍帶著皮卡丘繼續踏上新的旅程。