前往柚子島與誤認兒子的驚奇相遇
小智一行人抵達了橘子群島的柚子島，這裡是挑戰南十字星最後一座道館——柚子道館的所在地。剛抵達島上，一位經營「柚子飯店」的熱情女性瑠璃，誤將小智認作是出門旅行一年未歸的兒子浩二，並對小智展現了過度的母愛。雖然隨後發現是誤會，但瑠璃對同樣以寶可夢大師為目標的小智感到非常親切，並提議讓他們在飯店休息。
火箭隊的逆襲與道館館主的實力展現
正當眾人交談時，火箭隊駕駛著巨大的「機械鑽角犀獸」出現，企圖破壞城鎮並搶奪皮卡丘。在危機時刻，瑠璃派出了胡地，並以強大的「反射壁」和「幻象術」展現了驚人的實力。小智也隨即派出噴火龍助戰，兩人聯手化解了危機。這時小智才驚訝地發現，眼前的這位熱情女性正是柚子道館的道館館主。
獨特的戰鬥規則：二對二的雙打對戰
小智正式向瑠璃提出道館挑戰。柚子道館的規則非常獨特，是採取兩隻寶可夢同時出場的「雙打對戰」，只要隊伍中任一隻寶可夢失去戰鬥能力，挑戰即算失敗。瑠璃派出了默契十足的胡地與嘎拉嘎拉組合，而小智則選擇了皮卡丘與噴火龍。然而，比賽初期，皮卡丘與噴火龍因為彼此不合、缺乏默契，甚至在場上發生爭執，導致小智陷入了極大的被動與苦戰。
化解矛盾與默契配合的最終逆轉
面對瑠璃靈活運用胡地的「幻象術」控制場景，以及嘎拉嘎拉的「骨頭回力鏢」進行猛攻，小智不斷鼓勵兩隻寶可夢互相扶持。在關鍵時刻，皮卡丘與噴火龍終於意識到合作的重要性，噴火龍主動保護皮卡丘，兩者開始配合。最終，小智利用對方發動「破壞光線」的空隙，指揮噴火龍背著皮卡丘迅速上升，誘導胡地的攻擊擊中了自己的隊友嘎拉嘎拉，成功奪得勝利。
集齊四枚徽章，邁向勝利者盃
賽後，瑠璃認可了小智與寶可夢之間深厚的羈絆，親手將「瑠璃徽章」交給小智。至此，小智終於集齊了挑戰橘子聯盟所需的四枚徽章，獲得了前往柑橘島參加「橘子聯盟 勝利者盃」的資格。帶着瑠璃的祝福與對最強首席訓練家的期待，小智一行人再次踏上了旅程。