迷路與初遇妙蛙種子
小智、小霞與小剛在前往枯葉市的途中，於人煙稀少的森之迷路了。在爭吵不休時，小霞意外在溪邊發現了一隻可愛的走路草，正當她打算派出寶石海星收服這隻虛弱的寶可夢時，一隻神祕且強悍的妙蛙種子突然衝出阻撓，不僅救走了走路草，還擊退了小智的巴大蝶，隨後消失在森林中。這隻充滿正義感的妙蛙種子讓小智留下了深刻印象，燃起了想收服它的決心。
神祕的寶可夢療養所
隨後眾人在過橋時發生意外，小剛落入急流中失蹤。小智和小霞在尋找小剛的過程中，屢次落入各種預先佈置好的陷阱，最後才發現小剛平安無事，正待在一位名為翠的女性經營的寶可夢療養所中。翠解釋，這裡專門收容受傷或被訓練家遺棄的寶可夢，而妙蛙種子則是村裡的保鑣，為了保護同伴不被抓走，才對所有訓練家懷有敵意。小霞也為自己先前冒然收服走路草的舉動向它道歉。
對抗火箭隊的奇襲
火箭隊盯上了療養所中眾多虛弱的寶可夢，駕駛著配備巨大吸塵機械的機器發動奇襲，企圖將整間小屋連同寶可夢一併吸走。在危急關頭，妙蛙種子奮不顧身地救下差點被吸走的走路草。小智隨即派出比比鳥使用烈暴風，與妙蛙種子合作製造出強大的氣流，成功將火箭隊的機械推開並讓他們再次被打飛，守護了村莊的平靜。
約定的對戰與收服
事件結束後，翠認為妙蛙種子一直待在安逸的村莊當保鑣會阻礙它的成長，希望小智帶它去見識外面的世界。雖然妙蛙種子也認可了小智，但它堅持要透過對戰來確認訓練家的實力。小智派出皮卡丘迎戰，兩隻寶可夢展開了激烈的攻防。妙蛙種子使出強力的藤鞭，而皮卡丘則成功抵擋攻擊並以十萬伏特反擊。最終，小智投出精靈球成功收服妙蛙種子，在告別了翠與眾多康復的寶可夢後，小智一行人帶著新的夥伴，繼續前往枯葉市前進。