阿羅拉地區的假期與新相遇
小智與皮卡丘趁著假期來到阿羅拉地區的美樂美樂島，展開了一場充滿陽光與海灘的度假之旅。在這裡，小智不僅體驗了阿羅拉名產「寶可夢噴射滑水」，騎乘巨牙鯊在海面上馳騁，還遇到了許多未曾見過的寶可夢，如拳海參、磨牙彩皮魚以及一隻個性十足的火斑喵。這場旅行是因為大木博士的魔牆人偶在商店街抽中了特獎，才讓小智與媽媽花子有機會來到這個充滿南國風情的地區。
運送神祕寶可夢蛋與森林奇遇
除了度假，小智還肩負著大木博士託付的任務：將一顆神祕的寶可夢蛋親手交給大木博士的堂哥，也就是當地的寶可夢學校校長成也・大木。在前往學校的路上，小智因為被路邊出現的強顎雞母蟲吸引，不自覺地追進了森林深處。在森林中，他遇到了一隻揮動手臂、外表可愛卻展現出驚人力氣的穿著熊，驚險地逃離後，小智追隨噴火龍的蹤跡，最終來到了寶可夢學校。
初訪寶可夢學校與夥伴們的集結
在寶可夢學校，小智遇到了熱情的少女瑪奧，並在她的引領下認識了其他夥伴，包括性格內向但博學的莉莉艾、喜愛釣魚的水蓮、擅長電子設備的馬瑪內，以及對寶可夢對戰充滿嚴肅態度的卡奇。小智也在這裡正式將蛋交給了成也・大木校長，並見到了研究寶可夢招式的庫庫伊博士。小智對這個學生與寶可夢共同學習的環境感到非常新奇與興奮。
對抗骷髏隊與震懾人心的Ｚ招式
平靜的校園氣氛被不請自來的骷髏隊手下打破。他們為了搶奪卡奇的噴火龍而挑起爭端，小智見狀主動要求加入戰鬥與卡奇並肩作戰。面對骷髏隊的夜盜火蜥、超音蝠與貓鼬少，小智指揮皮卡丘展現敏捷的攻勢，而卡奇則與搭檔爆焰龜獸發動了阿羅拉地區特有的強大力量——「Ｚ招式」。在全神貫注的祈禱與動作引導下，爆焰龜獸使出威力驚人的「超強極限爆焰」，瞬間解決戰鬥。這股前所未見的力量深深吸引了小智。
守護神現身與留學的決定
戰鬥結束後，美樂美樂島的守護神「卡璞・鳴鳴」在暗中觀察著小智。當晚，卡璞・鳴鳴再度出現在小智面前，引導他來到森林並贈予他一個鑲嵌著Ｚ純晶的「Ｚ手環」。感受到阿羅拉地區神祕魅力與Ｚ招式可能性的小智，在與媽媽溝通後，決定留在這片土地，入學寶可夢學校學習，與皮卡丘一起挑戰全新的冒險。