阿羅拉地區的異常現象
在阿羅拉地區的一個平凡早晨，一股神祕的無力感籠罩了所有的成年人。小智起床後發現庫庫伊博士與芭內特博士都顯得極度疲憊且缺乏動力，這與平時充滿活力的他們判若兩人。來到寶可夢學校後，其他夥伴們也紛紛表示家中的長輩都出現了類似「幹勁消失」的情況，甚至連成也・歐基德校長也想翹班。這種異常的倦怠感似乎只影響成年人，而孩子與寶可夢們則依然活力十足。
傳說中的「輝耀大神」
由於庫庫伊博士無法正常授課，卡奇便向大家介紹了即將到來的日全蝕現象以及阿羅拉傳統的「瑪納羅節」。莉莉艾則分享了家族流傳的「輝耀大神」傳說：在遙遠的古代，輝耀大神降臨阿羅拉並用光芒充滿世界，但在耗盡能量後變得漆黑並陷入沉睡，隨後在太陽與月亮化身的幫助下重新獲得光芒，飛往天空的彼端。洛托姆圖鑑指出，這與毒貝比之前描繪的畫像高度吻合，暗示了毒貝比的故鄉與這個傳說有著深刻的聯繫。
究極衛隊緊急出動
以太基金會的露莎米奈、碧珂與扎奧博同樣深受無力感困擾，經過調查發現阿羅拉地區的「究極氣場」正被一個微小的究極之洞急速吸收，這正是造成大人們失去幹勁的主因。露莎米奈發布緊急任務，小智等究極衛隊成員隨即出發前往波尼島的日輪祭壇。在祭壇現場，格拉吉歐也帶著銀伴戰獸加入隊伍，他表示銀伴戰獸感受到了前所未有的強大威脅。
祭壇遺址與神祕黑影現身
為了查明究極之洞的位置，究極衛隊成員們合力施展Ｚ招式，將能量注入扎奧博開發的機器中，成功驅散覆蓋天空的陰霾。露莎米奈引領眾人進入日輪祭壇新發現的遺址，裡面刻滿了輝耀大神的壁畫。就在眾人研究壁畫與毒貝比留下的標記時，天空中突然開啟了巨大的究極之洞，傳說中的寶可夢「露奈雅拉」驚慌地現身，而緊追在後的則是一個通體漆黑、充滿壓迫感的未知神祕生物。阿羅拉的危機正式爆發，一場圍繞著光芒的決戰拉開了序幕。