沉迷偵探劇的洛托姆
在庫庫伊博士家中，小智、皮卡丘與庫庫伊博士正熱衷於觀看阿羅拉地區極受歡迎的偵探劇《阿羅拉偵探拉基》。洛托姆圖鑑更是拉基的忠實粉絲，甚至戴上了博士買給它的「拉基變裝組」假髮，模仿起偵探的口吻與神態。當電視劇播完後，洛托姆仍沉浸在推理的樂趣中，而小智與皮卡丘早已沉沉睡去。
消失的電氣Ｚ水晶
隔天在寶可夢學校，小智驚慌地發現自己最重要的「電氣Ｚ」水晶不見了！這顆水晶是守護神卡璞・鳴鳴贈予的寶物，對小智而言意義非凡。同伴們得知後紛紛幫忙尋找，而馬瑪內提醒如果讓重視Ｚ水晶的卡奇知道，後果不堪設想。就在此時，卡奇出現了，小智與其他同伴為了保密而顯得舉止怪異，讓卡奇感到十分疑惑。洛托姆見狀，決定以「偵探洛托姆」的身分展開調查，並任命皮卡丘為它的助手。
追查現場錄影證據
洛托姆先向庫庫伊博士詢問小智昨天的行蹤，得知小智曾在校庭練習Ｚ招式。然而，校庭範圍廣大，搜尋機率極低。在搜尋過程中，歐基德校長提到昨天有電視台的攝影師來學校拍攝宣傳海報，洛托姆靈機一動，意識到攝影機可能拍下了水晶失蹤的過程。它帶著皮卡丘趕往阿羅拉電視台，並在那裡成功將自己的系統與攝影機連接，擴充了全新的「錄影功能」，成功取得了昨天的側拍畫面。
偵探洛托姆的大膽推理
洛托姆回到學校，在眾人面前召開推理秀。它播放了昨天的影片，畫面顯示小智與卡奇在練習完後曾握手致意。洛托姆據此斷定，水晶是在那次握手時，由小智不自覺地轉移到了卡奇手中，並當眾指認卡奇就是「犯人」。卡奇對此感到莫名其妙且憤怒，雙方陷入爭執。此時，心思細膩的莉莉艾要求重新檢視影片，發現早在練習之前，小智就已經將水晶從Ｚ強力手環上取下放入褲子口袋中。
真相大白與新功能的誕生
小智這才恍然大悟，想起自己是為了更換「一般Ｚ」水晶才將「電氣Ｚ」暫時收進口袋，後來完全忘了這回事。眾人追查水晶的下落，皮卡丘發現洛托姆那頂「拉基假髮」上有異樣，原來昨晚小智在房間與洛托姆說話時，水晶不小心勾到了洛托姆的假髮裡，才會一直跟著洛托姆跑遍全島。真相大白後，卡奇因被誣陷而對洛托姆大發雷霆，洛托姆趕緊道歉並承諾以後會幫大家錄製訓練影片作為補償。這場失蹤鬧劇最終在歡笑與打鬧中圓滿落幕，洛托姆也因此獲得了實用的錄影新功能。