迷霧森林與憤怒之湖的異象
小智、小霞與小剛在前往下一個道館所在地卡吉鎮的途中，在深山森林中迷了路。他們發現森林裡的寶可夢們表現異常，皮卡丘與波克比也顯得體力虛弱、無精打采。循著一陣痛苦的咆哮聲，小智一行人來到了「憤怒之湖」，在那裡他們震驚地看見了一隻極其罕見的「紅色暴鯉龍」正在湖中痛苦地掙扎翻滾。隨後，由特次率領的火箭隊精銳部隊出現，並試圖包圍小智等人。小智派出小鋸鱷應戰，卻發現小鋸鱷竟然無法發揮實力。就在危機時刻，關都與城都地區的四天王冠軍——阿渡，帶著他的快龍及時現身，成功擊退了火箭隊的部隊，救下了小智一行人。
寶可夢搜查官阿渡與R計畫
阿渡向小智透露，他此行是身為「寶可夢搜查官（Pokemon G-Men）」的一員，前來調查火箭隊在憤怒之湖進行的祕密實驗。據情報顯示，火箭隊正在進行一項名為「R計畫（計畫雷伯倫）」的恐怖陰謀，企圖利用人工產生的電波來自由操控寶可夢的進化。另一方面，飢腸轆轆的武藏、小次郎與喵喵在潛入火箭隊祕密研究所尋找食物時被逮個正著，特次隊長看中他們「為了食物什麼都願意做」的特性，決定將捕獲紅色暴鯉龍的任務交給他們，並承諾若成功將讓他們在火箭隊歷史上留名。
紅色暴鯉龍的捕獲與淪為階下囚
儘管阿渡勸告小智等人儘快離開危險地帶，但小智因為擔心那隻表現痛苦的紅色暴鯉龍，決定折返回湖邊幫忙。此時，火箭隊的不知火博士下令啟動「進化促進電波」，這股波長強行將潛伏於湖底的紅色暴鯉龍逼出水面。這隻暴鯉龍其實是受到電波影響，由鯉魚王被強行催化進化的結果，由於進化過程過於迅速，導致原本屬於鯉魚王的紅色殘留在了鱗片上。在電波的干擾下，武藏等人成功將紅色暴鯉龍捕獲。
陷入絕境與未完的陰謀
小智與小霞試圖派出小鋸鱷和蚊香蛙進行攔截救援，但在進化促進電波的影響下，他們的寶可夢也陷入痛苦而無法戰鬥，小智、小霞、小剛與阿渡最終被特次的部隊包圍並遭到俘虜。不知火博士狂妄地宣稱，他們將利用這隻紅色暴鯉龍的數據來完善電波，最終建立最強的寶可夢軍團。小智一行人被綑綁並囚禁在研究所內，眼睜睜看著火箭隊將裝載著紅色暴鯉龍的卡車駛離，故事在眾人陷入空前危機中留下了懸念。