初遇災禍寶可夢阿勃梭魯
小智一行人為了前往最後一個道館所在地琉璃市，正在橫越伊札貝島。在前往險峻岩山腳下的里亞多村途中，眾人疲憊不堪。當他們來到連接村莊的橋梁時，皮卡丘差點因橋面斷裂掉入湍急的河流中。此時，一隻阿勃梭魯突然出現在眾人面前。根據圖鑑記載，阿勃梭魯被稱為「災禍寶可夢」，每當牠現身時，必然會發生不幸的事情。
村民的偏見與神祕的獵人
村裡的居民隨即趕到，並將橋梁斷裂的責任全推給阿勃梭魯。村民們深信阿勃梭魯不僅預兆災難，甚至是主動製造災難，因此僱用了所謂的「阿勃梭魯獵人」來除掉牠。然而，這群獵人的真面目正是喬裝後的火箭隊，他們企圖趁機捕捉皮卡丘。此時，一名叫作小昇的少年跳出來維護阿勃梭魯，他堅信這隻寶可夢並非惡類，其失蹤的哥哥悟也曾試圖證明這一點。為了尋找真相，小昇獨自前往岩山，小智一行人擔心他的安全也隨後跟上。
岩山上的真相與阿勃梭魯的救援
在登山過程中，小剛發現岩石縫隙滲出水來，顯示岩層後方有著巨大的水脈。當眾人在山頂發現阿勃梭魯時，地表突然噴發出強烈的水柱，將小勝和小昇沖走。危急時刻，阿勃梭魯不顧自身安危救下了小昇，證實了牠並非要傷害人類。此時，小昇的哥哥悟帶著赫拉克羅斯現身，救下了差點墜落的小勝與皮卡丘。悟解釋他離開村莊是為了調查各地阿勃梭魯的習性，並得出結論：阿勃梭魯絕不會主動攻擊人類，且僅在感覺到災難即將發生時才會現身示警。
齊心協力化解洪水危機
眾人意識到，阿勃梭魯出現在村莊附近，是為了警告地下水脈即將潰堤引發大洪水。果然，強烈的地鳴隨之而來，巨大的水壓即將沖毀山壁危害村莊。阿勃梭魯試圖利用「破壞光線」擊落大岩石來堵住水源，小智與夥伴們也立刻派出所有寶可夢——包括森林蜥蜴、赫拉克羅斯、大王燕、向尾喵等，合力使出各種絕招推動巨石。最終，眾人與寶可夢齊心協力，成功將水源封住，拯救了里亞多村。
誤會冰釋與新的旅程
洪水危機解除後，被水淋濕的火箭隊露出了真面目，並企圖捕捉皮卡丘，但被阿勃梭魯以強大的「鐮鼬」絕招擊飛。村民們在目睹真相後，深刻體認到自己的偏見傷害了阿勃梭魯與小昇兄弟，誠懇地向他們道歉。小昇感謝小智等人願意相信他，讓這場災難轉化為理解的契機。在與阿勃梭魯和悟道別後，小智一行人帶著新的體悟，繼續朝著下一個城鎮前進。