初遇阿利多斯與忍者阿雅
小智、小霞與小剛在前往緣朱市的旅途中，於森林稍作休息。小霞在散步時意外發現一隻巨大的阿利多斯，嚇得驚聲尖叫。這時，曾在淺紅道館見過的忍者少女阿雅突然現身，原來她正在追蹤這隻阿利多斯。隨後，寶可夢忍法學園的園長冬吉現身，阿利多斯正是他的搭檔。園長指出阿雅的修行尚且不足，未能識破阿利多斯的陷阱，導致其毛球在訓練中落敗。
寶可夢忍法學園的體驗入學
園長帶領小智一行人參觀寶可夢忍法學園，並邀請他們進行一日體驗入學。學園分為多個學科：小智加入了戰術學科，小剛則帶著榛果球在技術學科練習「撒菱」技法，表現優異卻依然難逃榛果球習慣性的自爆。原本抗拒的小霞在聽到「美容學科」後興致勃勃地加入，沒想到所謂的忍法美容竟是讓圓絲蛛在臉上吐絲製作「圓絲蛛面膜」，讓害怕蟲系寶可夢的她再次崩潰。
小智與阿雅的對決
在校園練習賽中，小智與阿雅展開了久違的對戰。小智派出妙蛙種子對抗阿雅的毛球。阿雅的毛球在經過特訓後速度大幅提升，並使用超音波讓妙蛙種子陷入混亂，但小智憑藉豐富的戰鬥經驗，指揮妙蛙種子跳躍反擊，最終以出色的技巧再次戰勝阿雅。雖然落敗，阿雅也感嘆小智與妙蛙種子的成長。
火箭隊的奇襲與混亂
火箭隊三人組潛入學園，利用假魔術與熱氣球偷走了學員們的大量寶可夢球，甚至抓走了皮卡丘。園長冬吉展現了驚人的實力，與阿利多斯配合在樹林間高效率移動追擊，迫使火箭隊丟下贓物逃跑。然而，火箭隊隨後展開反擊，阿利多斯為了保護大家而體力耗盡，局勢陷入危機。
領悟忍法奧義與反擊
園長決定將接下來的戰鬥交給阿雅，並引導她回想起特訓的點滴。面對武藏的阿柏怪，阿雅冷靜下來，指揮毛球採取看似危險的「睡眠」策略，實則是為了引誘敵人靠近並麻痺對方。當阿柏怪纏住毛球時，毛球近距離釋放「麻痺粉」成功反制。隨後，小智抓住機會指揮脫困的皮卡丘使用十萬伏特，將火箭隊徹底擊飛。
旅途的延續
戰鬥結束後，園長稱讚阿雅終於領悟了忍法的奧義——「不輕敵且化危機為轉機」。阿雅成功獲得了突破。小智一行人向阿雅與園長告別，帶著寶可夢忍法學園學到的寶貴經驗，繼續朝著目標緣朱市前進。