等離子團的陰謀與阿克羅瑪的實驗
故事開頭，等離子團的科學家阿克羅瑪在首領魁奇思的遠端監視下，正在進行一項極其危險的實驗。他利用特殊的電波照射有機素體寶可夢「蜈蚣王」，藉此壓制其大腦的阿爾法波並提升伽瑪波與德爾塔波，成功將寶可夢的戰鬥力提升至極限並加以控制。魁奇思對此研究成果表示滿意，並下令幹部安潔立即展開實戰測試。與此同時，小智、艾莉絲與天桐正與N一同旅行，他們計畫在抵達下個城市後為即將分道揚鑣的N舉辦送別會。然而，等離子團也正四處搜尋N的下落，並嚴密監視著紅豆杉博士在白之遺跡的挖掘進度。
雙斧戰龍暴走與潛入行動
小智一行人抵達目的地附近時，發現城市已被封鎖。君莎小姐告知有一隻雙斧戰龍正在市內瘋狂暴走，無差別地破壞建築物。身為龍屬性專家的艾莉絲深信龍屬性寶可夢本性善良，一定有特殊原因才會發狂，因此堅持要進城幫忙。在N的提議下，眾人避開了君莎小姐的阻攔，從小路潛入城市。在城內，小智等人巧遇了同樣在調查等離子團動向的國際警察「帥哥」。此時，火箭隊三人組也尾隨在後，企圖奪取等離子團那台能操控寶可夢的精密裝置。
被操縱的快龍與激烈的對峙
眾人找到了正在作亂的雙斧戰龍，艾莉絲試圖安撫牠，卻發現雙斧戰龍的內心被黑暗遮蔽，完全聽不進任何聲音。此時阿克羅瑪與安潔現身，坦言這是實驗的一部分。為了應對混亂，艾莉絲派出快龍試圖制伏雙斧戰龍，不料阿克羅瑪隨即調整目標，發射電波將快龍也一併控制。陷入瘋狂的快龍開始攻擊小智與艾莉絲。為了阻止這場混亂，小智派出噴火龍，天桐也派出岩殿居蟹，與暴走的快龍及雙斧戰龍展開混戰。N看著寶可夢因人類的強制操作而痛苦嘶吼，感到極度憤怒與悲傷，並大聲譴責阿克羅瑪這種褻瀆生命的行為。
系統崩潰與霧中的神祕女子
戰鬥進入白熱化時，火箭隊三人組突然介入，試圖強行奪取實驗裝置，導致現場陷入多方大戰。等離子團的安潔派出酷豹反擊火箭隊。在激烈的衝突中，產生的爆炸衝擊意外導致阿克羅瑪的控制系統故障當機，快龍與雙斧戰龍終於擺脫束縛恢復正常。雖然實驗被迫中止，但阿克羅瑪認為實戰數據已經收集完畢，與安潔一同撤退。此時，N因為剛才試圖以身阻擋攻擊而負傷倒地。突然間，四周升起了詭異的濃霧，兩位神祕的女性（巴貝娜與荷蓮娜）伴隨著神祕的寶可夢出現，溫柔地將受傷的N帶走。小智等人追進濃霧，卻發現自己來到了一個從未見過的神祕空間，故事在重重謎團中繼續發展。