等離子團的殘酷實驗
故事開頭，等離子團的科學家阿克羅瑪與幹部安吉正在一處祕密地點進行一項殘酷的實驗。他們利用特殊的電波裝置照射電蜘蛛，試圖增幅其能量並完全掌控其精神。安吉宣稱只要這套系統完成，合眾地區將會落入等離子團手中。阿克羅瑪則展現出對科學研究的瘋狂執著，他只想知道如何能將寶可夢的力量發揮到極限。
算木鎮的異常與神祕登山客
朝著白之遺跡前進的小智、艾莉絲與天桐來到了算木鎮。然而，他們在鎮上遭到了野生敗露球菇無預警的攻擊。來到寶可夢中心後，他們發現大量的野生寶可夢變得異常凶暴並攻擊人類，導致喬伊小姐忙得不可開交。在此時，一名神祕的登山客出現並警告小智一行人，山上的天文台附近有可疑人物出沒，建議他們不要前往，但小智為了查明真相決定前往一探究竟。
國際警察帥哥現身與真相揭曉
在前往天文台的途中，山上的寶可夢以及小智的皮卡丘、艾莉絲的牙牙突然受到電波影響，雙眼發紅並變得極具攻擊性。就在危急時刻，先前的登山客利用電波屏蔽裝置救了大家，並顯露真實身份——國際警察搜查官「帥哥」。帥哥解釋，等離子團正利用電波進行控制寶可夢的實驗，試圖將牠們轉化為戰爭兵器。隨後，眾人決定一同潛入天文台阻止這項陰謀。
天文台的對峙與羈絆的力量
抵達天文台後，眾人見到了阿克羅瑪與等離子團成員。阿克羅瑪操縱著凍原熊、蜈蚣王、師父鼬等寶可夢發動攻擊。戰鬥中，阿克羅瑪對小智的皮卡丘展現出濃厚興趣，並利用強力的電波強行控制了皮卡丘，命令其攻擊小智。然而，小智不顧自身安危，不斷呼喚著皮卡丘。皮卡丘與小智之間深厚的羈絆讓它產生了超越機器控制的力量，最終成功擺脫了電波的束縛。
火箭隊的介入與混亂的終局
就在雙方僵持不下時，一直在旁窺視的火箭隊武藏、小次郎與喵喵突然出手。他們駭入了等離子團的電腦系統試圖奪取實驗數據，導致控制裝置超載失效，所有受控的寶可夢都恢復了正常。見實驗數據已收集完畢且局勢混亂，阿克羅瑪下令撤退並啟動了天文台的自毀裝置。在帥哥與小智的努力下，眾人成功救出所有寶可夢並在爆炸前逃出。事件暫告一段落，帥哥決定繼續追蹤等離子團，而小智一行人則帶著對新敵人的警戒，繼續邁向白之遺跡的旅程。