傳說與祭典的開端
小智一行人正滿懷期待地前往激雷鎮，準備參加當地的傳統盛事「閃電鳥祭典」。希特隆興奮地向大家解釋祭典的由來：傳說中閃電鳥落下的雷電曾擊中鎮上的大樹，卻讓大樹變得更加茂盛並結滿果實，從此鎮民便祈求閃電鳥降臨以保佑城鎮豐饒。然而，眾人在旅途中突然遭遇強烈的雷暴，傳說中的寶可夢——閃電鳥帶著滿腔怒火現身，並發動猛烈的雷擊。為了避難，眾人連忙躲進附近的洞窟中。
受託交付緊急藥品與分頭行動
在洞窟內，小智等人遇到了受傷的救急隊員斯坦。斯坦因雷擊導致車禍，腿部骨折無法動彈。他手中持有一份必須立刻送到鎮上醫院救治孩子的藥品，但通往城鎮的道路已被落石封死。小智決定挺身而出，利用戰鬥飛鳥的力量開路，並由嗡蝠利用超音波導航，帶著藥品前往城鎮；莎莉娜、希特隆和柚莉嘉則留在原處照顧斯坦並等待救援。在行進途中，突如其來的落石將小智與其他人隔開，小智只能帶著皮卡丘、戰鬥飛鳥與嗡蝠繼續衝往出口。
火箭隊的惡行與音波龍的覺醒
小智走出洞窟後再次與閃電鳥遭遇，此時火箭隊出現，揭露了閃電鳥發怒的原因——原來是他們先前試圖捕捉閃電鳥才導致牠暴走。儘管小智試圖解釋，但憤怒的閃電鳥仍發動攻擊。為了爭取時間完成任務，小智先後派出烈箭鷹與戰鬥飛鳥對抗閃電鳥。在激烈的空中戰鬥中，戰鬥飛鳥為了保護夥伴而不幸被擊落墜向深淵。眼見夥伴遭遇危機，嗡蝠在極度焦急下突破極限，進化成了音波龍，並展現出強大的實力與新招式「爆音波」。
任務達成與祭典的和平
進化後的音波龍成功救回戰鬥飛鳥，並與閃電鳥展開勢均力敵的對決。此時，火箭隊趁隙用電磁網偷襲並抓住了閃電鳥，小智隨即指揮音波龍與皮卡丘聯手救出閃電鳥，並將火箭隊打飛。閃電鳥在脫困後，感受到小智守護夥伴的決心，怒火平息並認可了他們。小智及時趕到醫院交付藥品，隨後與會合的夥伴們一起參加祭典。斯坦獲得了喬伊小姐的治療，眾人在煙火與閃電鳥盤旋的身影中，共同見證了祭典的圓滿成功。