意外的遭遇與火箭隊的陷阱
小智、小霞與小剛在前往煙墨市的途中不小心在森林中迷了路。就在此時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵偽裝成健康器材推銷員出現，利用特製的機械「不麻痺君2號」強行吸取皮卡丘的電力。小智指示皮卡丘發揮根性使出十萬伏特，最終成功讓機械負荷過重爆炸，擊退了火箭隊，但皮卡丘也因此陷入了嚴重的虛弱狀態。
隱藏在山頂的療癒聖地
正當眾人為皮卡丘的體力擔憂時，一位名叫翼的女性出現了。她承諾只要小智一行人守住秘密，就帶他們前往能治癒皮卡丘的地方。他們攀登陡峭的山壁來到了一座神祕的火山口湖，發現湖邊聚集了許多電擊獸、小磁怪與雷丘等電屬性寶可夢。翼解釋這裡是可以療癒受傷或疲勞電屬性寶可夢的聖地，皮卡丘在浸泡湖水後也迅速恢復了活力。
傳說的水晶與閃電鳥現身
翼揭示了湖水的秘密：湖底沉沒著一座古代遺跡，其中保存著「傳說的水晶」，那是所有治療能量的源頭。然而，潛伏在側的火箭隊趁機偷走了水晶，導致湖水瞬間變得渾濁且失去力量。此時，天空烏雲密佈，傳說中的寶可夢「閃電鳥」突然現身。閃電鳥原本也是為了在湖中療癒電力而來，卻遭到火箭隊強力機械「電力過來過來君3號」的攻擊，陷入困境。
奪回水晶與湖水的重生
儘管閃電鳥奮力抵抗擊飛了火箭隊，但牠也因為水晶被奪走、湖水失效而變得極度虛弱。小智為了保護閃電鳥並奪回水晶，派出月桂葉與皮卡丘攔截火箭隊的熱氣球。在激烈的交戰後，小智成功奪回墜落的水晶並將其歸還湖底。起初湖水並未恢復，但在皮卡丘與其他野生電屬性寶可夢共同施放電力誘導下，水晶重新發光。閃電鳥進入湖中完全恢復體力，並以強大的雷電力量重新充盈了水晶與湖泊。最後，小智一行人告別了翼，帶著與傳說寶可夢相遇的回憶，繼續踏上旅程。