前往究極深海，營救露莎米奈
小智、莉莉艾、格拉吉歐與學校的夥伴們，搭乘著傳說的寶可夢索爾迦雷歐穿過究極之洞，來到了究極異獸虛吾伊德所棲息的「究極深海」。在這裡，他們見到了與虛吾伊德融合、心智變得如同孩童般任性的露莎米奈。露莎米奈為了不讓眾人接近，釋放了多隻被強化過的寶可夢阻攔去路。
夥伴們的默契與格拉吉歐的決心
為了讓小智與莉莉艾能前進，瑪奧、水蓮和馬瑪內留下來與露莎米奈的寶可夢周旋。木木梟與甜舞妮展現了驚人的默契，使出了被水蓮命名的合體技「木木梟發射」擊敗了裙兒小姐。隨後，水蓮指揮球球海獅使出Ｚ招式「超級水流大旋渦」成功擊退其他對手。同時，格拉吉歐則帶領著銀伴戰獸與鬃岩狼人，利用切換屬性記憶碟的特性，並施展Ｚ招式「地平天成大裂斬」突破防線，三人終於來到融合後的母體面前。
莉莉艾的真情呼喚
面對不斷逃避並宣稱討厭大家的露莎米奈，莉莉艾決定親自面對母親。她大聲斥責母親現在的行為簡直是個「愛撒嬌且任性的嬰兒」，並指責她不該淪為究極異獸的操線木偶。莉莉艾深信母親是個堅強的人，這番話語讓露莎米奈短暫恢復了意識，並從虛吾伊德的體內伸出手。然而，虛吾伊德卻不願放手，隨即巨大化並將露莎米奈完全吞噬。
新Ｚ招式「千萬伏特」爆發
就在危機時刻，小智的電Ｚ水晶感應到小智與皮卡丘超越極限的羈絆，奇蹟般地轉變為新型的Ｚ水晶。小智與皮卡丘施展出前所未有的超強全力Ｚ招式——「千萬伏特」。七彩的雷電擊穿了巨大虛吾伊德的防禦，成功將露莎米奈救出。隨著戰鬥結束，索爾迦雷歐載著所有人穿過究極之洞平安回到阿羅拉地區。
重返阿羅拉，溫馨的結局
回到阿羅拉後，眾人與庫庫伊博士及芭內特博士重逢。露莎米奈恢復正常，感性地向莉莉艾與格拉吉歐道謝。雖然莉莉艾為了照顧休養中的母親暫時缺席學校，但小智與夥伴們決定一起寫信鼓勵她。這場驚心動魄的冒險，不僅救回了家人，也讓大家的友誼更加深厚。