鋼鐵島的異變與路卡利歐的危機
在鋼鐵島上，受到神祕能量的影響，島上的鋼屬性寶可夢紛紛陷入狂暴狀態。小智一行人與正在島上修行的波導使者亞玄及其搭檔路卡利歐會合。然而，強大的能量波干擾了路卡利歐的波導防禦，使其也開始痛苦地失控。為了制止失控的路卡利歐並緩解其痛苦，亞玄要求小智讓皮卡丘對路卡利歐使用十萬伏特，利用電擊的刺激幫助牠暫時找回理智並脫離能量干擾。
銀河團的野心：尋找槍之柱
與此同時，銀河團的幹部伙星正利用從帷幕市奪取的隕石所製造的精密機械，在鋼鐵島的遺跡中發射高能量光束。這道光束的目的是以鋼鐵島作為共鳴點來掃描天冠山，藉此精確定位傳說中的「槍之柱」位置，以便實行召喚傳說寶可夢的計畫。銀河團的首領赤日與幹部鎮星則在總部密切監控，並鎖定了天冠山的掃描區域。
遺跡深處的戰鬥與破壞
小智、小剛、小光與阿馴在遺跡深處與銀河團展開正面對抗。雖然伙星派出了東施喵阻撓，並威脅要炸毀遺跡，但在眾人的合作下，小智指揮姆克鳥與皮卡丘突破防線。最終，皮卡丘成功的十萬伏特精準擊中了核心機械，原本壟罩全島並干擾鋼屬性寶可夢的低頻波隨之消失，狂暴化的寶可夢們也終於恢復了平靜。
亞玄與路卡利歐的守護力量
眼見計畫受挫且數據蒐集已達一定程度，伙星在撤離前啟動了預埋在遺跡地下的爆彈，企圖將整個鋼鐵島連同遺跡一起炸毀。在千鈞一髮之際，亞玄與路卡利歐展現了強大的波導力量。他們全力釋放能量將即將在島內爆發的巨大爆炸威力包裹住，並憑藉驚人的意志與默契將這股能量球拋向天空，讓爆炸在高空發生，成功守護了整座島嶼與棲息其中的無數性命。
真相揭曉與新的征程
事件平息後，芥子蘭博士趕到現場調查。她解釋這座鋼鐵島本身是由古代隕石構成，與銀河團手中的隕石物質相同，因此才被利用作為雷達。這次事件也證實了「槍之柱」與天冠山的強烈關聯。最後，阿馴與眾人道別，決定繼續變強並前往參加神奧聯盟；小智一行人告別亞玄後，搭船前往小果鎮，準備迎接下一個挑戰，而銀河團的陰謀則讓神奧地區的未來蒙上了一層陰影。