美樂美樂島的神祕斬擊事件
在美樂美樂島的寧靜夜晚，一個神祕的身影突然降臨。隔日，島上接連發生離奇的斬擊事件：布爾甘社長引以為傲的金漆銅像被整齊切斷、瑪奧家廚房裡的捲心菜瞬間變成細絲、甚至連莉莉艾家花園的樹木也被修剪成精緻的寶可夢形狀。這些事件引起了大家的注意，但誰也沒有看清始作俑者的真面目。
庫庫伊博士的課堂與究極防衛隊出動
在寶可夢學校，庫庫伊博士正進行一場關於「斬斷」招式的特訓，讓學生們嘗試用招式斬斷堅硬的草捆。小智的木木梟、瑪奧的甜冷美后、卡奇的噴火龍以及水蓮的長吻鱷都嘗試了各自的招式，卻難以將其完全斬斷。然而就在轉瞬間，教室裡的草捆竟被不明力量整齊切開。此時，究極防衛隊收到緊急出動請求，露莎米奈代表以太基金會告知大家，這是一隻代號為「紙御劍」的究極異獸所為，雖然尚未觀測到究極之洞，但必須立刻採取行動將其捕獲以確保安全。
紙御劍的強大實力與火箭隊的介入
究極防衛隊展開全面搜查，發現紙御劍擁有驚人的切割能力。與此同時，布爾甘社長正在電視直播中宣傳他那號稱「絕對安全」的最高級合金金庫，結果紙御劍現身，如同切紙般輕鬆將金庫切碎。火箭隊三人組見狀，認為這是一隻極為稀有的寶可夢，企圖將其捕獲獻給坂木老大。就在究極防衛隊趕到現場試圖用究極球捕獲時，紙御劍竟然連究極球都能一分為二，隨後更在戰鬥中展現出高超的劍術，輕鬆化解了阿羅拉嘎啦嘎啦的「閃焰衝鋒」。
彗星危機與紙御劍的英雄行徑
正當捕獲行動陷入僵局時，露莎米奈傳來緊急通報：一顆來自「童偶熊座流星群」的巨大隕石偏離軌道，正朝著寶可夢學校墜落。如果隕石撞擊，將會造成嚴重的災難。小智等人立刻放棄捕獲，轉而嘗試破壞隕石。他們利用冰系招式使高熱隕石脆化，再由噴火龍等寶可夢進行斬擊，但隕石體積太大，破壞速度緩慢。此時，紙御劍主動挺身而出，揮舞雙臂的利刃，將巨大的隕石瞬間切割成無數細碎的塵埃，成功化解了學校的毀滅危機。
空間斬擊，重返故鄉
危機解除後，眾人對紙御劍充滿感激，並稱其為阿羅拉的英雄。紙御劍在眾人的目送下，展現了超越次元的能力——它用利刃劃破了空間，自行製造出一道短暫的空間裂縫。原來它當初也是以同樣的方式來到這個世界。紙御劍在向小智等人告別後，優雅地躍入裂縫回到原本的世界。這場充滿鋒利美學與英雄氣概的究極異獸事件，最終在大家的感謝聲中圓滿落幕。