迷霧中的誤會與失蹤事件
小智、艾莉絲與天桐在前往雷文市的旅途中，於濃霧瀰漫的森林中迷路。在尋找出口時，他們遇到一隻神情恍惚、舉止怪異的差不多娃娃。隨後，君莎小姐帶著兩位少年偵探阿新與莉娜出現，並誤認小智一行人是誘拐差不多娃娃的犯人而將他們暫時拘捕。經過查證，這場誤會很快被釐清，原來該地區最近接連發生多起差不多娃娃失蹤的神祕事件，阿新與莉娜則是為了幫助家人與朋友找回失蹤的搭檔而協助調查。
酒侍偵探登場與音波追蹤
天桐隨即展開「酒侍偵探時間」，分析案情全貌。目前失蹤的差不多娃娃共有四隻，且都在神祕的情況下消失。為了引出犯人，君莎小姐在鎮上剩餘的差不多娃娃身上安裝了特殊的追蹤晶片。不久，受監控的差不多娃娃們竟然同時起身，彷彿被催眠般集體往山區移動。然而，君莎小姐手中的追蹤螢幕卻受到強烈干擾而失靈。此時，天桐推斷犯人是利用差不多娃娃極佳的聽覺，發出特定頻率的音波來操縱牠們行動。
石丸子的活躍與火箭隊的陰謀
為了鎖定超音波來源，小智派出了擁有發達聽覺、能感應人類聽不到音波的石丸子領路。在阿新的單卵細胞球與莉娜的哥德寶寶利用超能力系招式協助眾人越過斷崖與障礙後，最終追蹤至一座廢棄的風力發電廠。在那裡，他們揭發了火箭隊的陰謀。原來武藏、小次郎與喵喵接受賽格博士的指示，意圖利用差不多娃娃如同雷達般的聽覺能力，來開發特殊的探測技術，以此向坂木老大邀功。
合力戰鬥與事件落幕
火箭隊派出滾滾蝙蝠與哭哭面具對抗眾人，小智、阿新與莉娜聯手回擊。在激烈的對戰中，小智指揮石丸子使用「砂暴」與「岩石封鎖」，成功破壞了控制音波的機械裝置，使被控制的差不多娃娃們全部恢復清醒。恢復神智的差不多娃娃們展現強大的戰鬥力，與眾人合力擊退了火箭隊。事件圓滿解決後，雖然阿新與莉娜仍在競爭誰的搭檔更優秀，但君莎小姐讚許石丸子才是這次破解謎團的關鍵。在找回所有失蹤的夥伴後，小智一行人告別新朋友，繼續踏上前往雷文市的旅程。