意外的停靠與裁判學校的相遇
小智、小遙、小剛與小勝一行人，因為小智吃早餐耽誤時間以及小遙忙著欣賞勳章，不小心錯過了前往綠嶺市的直達船。他們被迫在轉運站「幫巴島」下船，並在那裡遇見了帶著妙蛙草、火恐龍與卡咪龜的少年吉米。吉米介紹這座島上唯一的設施是「寶可夢對戰裁判養成學校」，專門培養專業的對戰裁判。學校的老師莎莉娜見小智與小剛是資深的訓練家，便邀請他們協助進行一場對戰教學，讓吉米練習擔任裁判。
對戰實習中的誤判與迷惘
教學對戰由小智的大王燕、龍蝦小兵對抗小剛的水躍魚、蓮帽小童。比賽中，小剛利用蓮帽小童假裝倒地來誘敵，並由兩隻寶可夢同時使出水槍攻擊龍蝦小兵。擔任裁判的吉米因為缺乏經驗且過於緊張，沒考慮到龍蝦小兵也是水屬性，對水屬性招式有耐性，便匆忙判斷龍蝦小兵失去戰鬥能力。莎莉娜老師隨即糾正吉米，強調裁判必須對屬性相剋有精準的認識，且必須展現自信。隨後，吉米向大家坦承自己以前是訓練家，但實力極差，連身上的華藍徽章都是幫華藍道館打掃泳池換來的，這讓他對自己的天分感到十分沮喪。
火箭隊襲擊與夥伴的進化
莎莉娜老師鼓勵吉米，認為他擁有一顆超一流、愛護寶可夢的心。此時，火箭隊駕駛著「捕獲球1號」機械出現，趁機搶走了吉米的三隻夥伴。吉米為了救回寶可夢不顧危險地追了上去，即便受傷也不肯放棄。在眾人的鼓勵與吉米強烈守護夥伴的心意下，卡咪龜在關鍵時刻進化成了水箭龜。吉米重拾自信，果斷地指揮水箭龜使出強力的水炮，配合妙蛙草與火恐龍的攻擊，成功將火箭隊擊飛，救回了自己的夥伴。
退學與全新的出發
看到吉米展現出的指揮能力與夥伴間的羈絆，莎莉娜老師做出了一個出人意料的決定：她要求吉米「退學」。莎莉娜解釋，這並非否定吉米，而是認為他擁有成為優秀訓練家的無限潛力，應該去外面的世界挑戰，發揮進化後水箭龜的力量。吉米接受了建議，決定重新開始他的訓練家之旅，並與小智約定在未來的寶可夢聯盟賽場上見面。最後，小智一行人也帶著對信任的新體悟，再次啟程前往綠嶺市。