神奧地區的異象與調查
神奧地區各地接連傳出居民因做惡夢而失眠的消息，櫻木博士推測這可能是幻之寶可夢「達克萊伊」所引起的。曾與達克萊伊有過一面之緣的小智，與小豪隨即前往神奧地區展開調查。與此同時，火箭隊也接到了坂木老大的直接命令，要求真鳥矩陣與小次郎一行人合力捕捉達克萊伊與傳說中的寶可夢「克雷色利亞」。
小春的獨自旅行
原本滿心期待全家旅行的小春，卻因為櫻木博士忙於照顧即將孵化的寶可夢蛋、媽媽接到緊急插畫工作、弟弟要參加夏令營而落空。在失望之餘，小春決定帶著名為伊布的夥伴，展開一場屬於自己的獨自旅行。媽媽吉野將自己年輕時旅行用的背包交給小春，鼓勵她去體驗未知的世界。小春抵達神奧地區後，無意間在電視上看到華麗大賽的消息，決定前往百代市一探究竟。
與小光的命運相遇
在前往百代市的途中，小春在森林露營時偶遇了正在旅行的寶可夢協調訓練家——小光。小光帶著她的搭檔波加曼，展現出開朗且樂觀的性格。兩人雖然在旅行觀念上有所出入（小光較為隨性，小春則依賴導覽書），但在相處過程中逐漸建立起友誼。小光鼓勵小春嘗試參加華麗大賽，兩人決定結伴而行。
森林中的危機與克雷色利亞
小智與小豪在調查過程中受到達克萊伊惡夢能力的影響，陷入了奇怪的幻覺夢境，夢見櫻木研究所的成員變成了「櫻木隊」試圖征服世界，這讓他們更確信達克萊伊就在附近。另一邊，小春與小光在森林中遭到野生鑽角犀獸的襲擊，伊布在對戰中模仿了波加曼的「泡沫光線」成功制伏對手。戰鬥結束後，她們在森林深處發現了一隻遍體鱗傷、散發著微弱光芒的克雷色利亞，故事在此畫下伏筆，四人的命運即將在神奧的森林中交會。