火箭隊的重逢與復仇計畫
在持續旅行的小智、小霞與小剛面前，原本落魄且飢腸轆轆的火箭隊三人組迎來了轉機。坂木老大的信使鳥突然現身，為武藏、小次郎與喵喵送來了他們過去在各個地區收服的所有寶可夢，包括敗露球菇、南瓜怪人、尖牙籠、魔尼尼、哭哭面具、輕飄飄等夥伴。這份突如其來的支援讓火箭隊重燃鬥志，他們決定利用這些強大的戰力，發起一場名為「火箭隊復仇者」的終極奪取皮卡丘計畫。
精密的誘敵戰術與夥伴的分散
火箭隊利用小次郎的魔尼尼展開演技，假裝背叛組織並遭到追殺，成功誘使正義感強烈的小智一行人保護它。為了分散小智的戰力，火箭隊安排了一連串的伏擊：首先由敗露球菇使出孢子攻擊，迫使小剛留下使用樂天河童應戰；接著輕飄飄與哭哭面具攔截了小霞，讓她必須帶著海星星與可達鴨殿後。最後，小智只能讓皮卡丘單獨帶著魔尼尼逃向君莎小姐的方向，卻正中火箭隊的陷阱。
真相大白與拉帝亞斯的干預
當皮卡丘帶著魔尼尼來到空地時，火箭隊揭穿了這場戲碼，原來一切都是為了讓皮卡丘落單。小智隨後趕到並派出烈焰猴與摔角鷹人支援，但火箭隊利用眾多寶可夢的聯手攻擊佔據優勢。正當皮卡丘陷入危機時，一直隱身跟隨在小智身後的傳說寶可夢拉帝亞斯出手相救，以強大的力量擊飛了火箭隊。經歷此次失敗後，火箭隊三人組因為互相推卸責任而發生激烈爭吵，最後竟朝著不同的方向離去，這支長年合作的團隊面臨分崩離析的危機。
拉帝歐斯的求救訊號
事件結束後，拉帝亞斯在小智面前現身。它利用特殊能力讓小智看見了遠方的幻影，畫面中顯示出另一隻傳說寶可夢——拉帝歐斯似乎正身處險境並發出痛苦的呼喚。感受到拉帝亞斯的擔憂，小智決定前往救援，新的冒險即將展開。