前往武鬥島的途中
在卡那茲米道館順利獲得第一枚徽章後，小智、小遙、小勝與小剛四人搭乘哈奇老人的船，準備前往下一個道館所在地——武鬥島。由於海面上風平浪靜，大家在小遙與小勝的提議下，決定前往一座地圖上沒有記載的秘密無名小島稍作休息。小智雖然急著挑戰道館，但在同伴的勸說下也決定放鬆心情，讓皮卡丘、火稚雞、刺尾蟲等寶可夢們一起享受短暫的度假時光。
遭遇巨牙鯊群的襲擊
正當小遙換上泳裝準備在美麗的海灘戲水時，海面上突然出現了一群性格兇猛的巨牙鯊。小遙和小勝險些遭到攻擊，幸好哈奇老人的長翅鷗「小波」與小智的傲骨燕及時支援，眾人才得以撤回岸上。小剛指出巨牙鯊擁有「粗糙皮膚」的特性，會讓接觸到牠們的對手受傷。隨後，一群巨牙鯊在首領的帶領下撞擊哈奇老人的船隻，展現出不同於一般單獨行動的強大集體力量，將眾人困在島上。
中毒的首領與小剛的溫情
此時，迷路的火箭隊三人組也漂流到了這座島嶼，並與巨牙鯊首領發生衝突。雖然火箭隊被打飛，但武藏的飯匙蛇使用的「毒尾」卻讓巨牙鯊首領陷入嚴重的毒素狀態。看著痛苦不堪的首領，善良的小剛不忍心趁人之危，反而決定運用自己的培育家知識，徹夜守在海邊細心照料這隻巨牙鯊。小剛的誠意與熱感漸漸傳達給了首領，原本充滿敵意的巨牙鯊也開始安靜下來。
化敵為友與再次啟程
隔天清晨，火箭隊再次現身試圖捕捉皮卡丘與虛弱的巨牙鯊首領。此時，其他的巨牙鯊群為了保護首領，與蓮葉童子合力反擊，將火箭隊再次送向遠方的天空。在小剛的照料下，巨牙鯊首領完全康復，並與眾人建立了深厚的友誼。因為彼此交心，巨牙鯊的特性「粗糙皮膚」不再讓小智他們感到刺痛。最後，在巨牙鯊群的護航下，眾人順利抵達武鬥島的武鬥鎮，小智也帶著高昂的鬥志，準備迎接下一個道館挑戰。