火箭隊的意外分離與武藏的邂逅
在前往密阿雷市的旅途中，小智一行人再次擊退了火箭隊。然而，這次的攻擊讓武藏與小次郎、喵喵走散。武藏與果然翁掉入河中，因吸入臭臭花的麻痺粉而暈倒，隨後被一位名叫懷特的鄉村醫生救起。懷特醫生溫柔的照顧深深吸引了武藏，她化名為「武藏紅」，並留在診療所擔任助教，開始憧憬平靜且充滿愛的鄉間生活，甚至萌生了退出火箭隊的念頭。
小智一行的求助與武藏的抉擇
武藏在診療所幫忙期間，遇到了懷特的青梅竹馬白瑞，並見證了醫生對寶可夢與村民的無私奉獻。與此同時，小智一行人因為咚咚鼠被寶可夢獵人的陷阱所傷，也來到診療所求醫。武藏請求小智、莎莉娜與柚麗嘉保守祕密，不要讓懷特知道她是火箭隊成員。躲在暗處的小次郎與喵喵見到武藏幸福的模樣，雖然感到寂寞，但仍決定為了夥伴的幸福而默默離去，打算獨自面對強大的寶可夢獵人。
寶可夢獵人的威脅與夥伴危機
寶可夢獵人靠著強大的超甲狂犀抓住了喵喵、南瓜精與豪喇花枝。遍體鱗傷的小次郎來到診療所尋求小智的協助，卻特意要求不要驚動武藏，展現了深厚的夥伴情誼。武藏在無意間偷聽到懷特醫生對白瑞的真心告白，得知醫生心愛的人其實是白瑞，這讓她從情網中清醒。她為了成全醫生的愛情，並回到夥伴身邊，忍痛命令果然翁留在森林裡與另一群果然翁共度幸福生活，自己則穿回火箭隊制服趕往戰場。
重拾牽絆與火箭隊的重組
正當小智與小次郎陷入苦戰時，武藏現身救援。令她驚訝且感動的是，果然翁並沒有留在森林，而是選擇追隨武藏回到戰鬥。在果然翁的強力反彈攻擊下，配合皮卡丘與火狐狸的協力，眾人成功擊敗了寶可夢獵人。事件結束後，武藏留下一束花向懷特醫生告別，並與小次郎、喵喵一同搭乘熱氣球飛向天際。武藏體悟到，雖然這段愛情無疾而終，但這群共患難的夥伴才是她最珍貴的財富。