爭分奪秒的目標
小智、小光與小剛一行人正朝著緣之市前進。途中，小光得知寶可錶即將推出全新的應用程式功能「硬幣翻轉」，且必須在下午五點前的期限內領取。為了趕上時間，眾人急忙趕往森林另一端的寶可夢中心。然而，一直伺機而動的火箭隊三人組化裝成導遊，利用虛假的攝影服務與偽造的迷宮地圖，企圖將小智一行人引入山洞迷宮中，藉此一舉奪取他們的寶可夢。
火箭隊的詭計與意外的騷亂
在火箭隊準備動手捕捉寶可夢時，一群野生的大岩蛇突然在迷宮中橫衝直撞，引發了巨大的騷亂。這場突如其來的混亂導致小智、小光、小剛以及他們的寶可夢們被迫分散在迷宮各處。小智與皮卡丘、波加曼、泳圈鼬、帕奇利茲及樹才怪在一起；小光與小剛的寶可夢不良蛙同行；而小剛則帶著姆克鳥、草苗龜、捲捲耳及小福蛋。眾人在複雜的迷宮中焦急地尋找彼此，甚至還遇到了同樣在迷宮中旅行卻表現冷淡的真司。
迷宮中的分散與危機
小智在尋找同伴的過程中，利用波加曼與泳圈鼬的水屬性絕招擊退了威脅他們的大岩蛇，並與同行的寶可夢們培養了默契。另一邊，小光與不良蛙也遭遇大岩蛇的追擊，幸好不良蛙及時出手相救。與此同時，火箭隊利用手中的真實地圖在迷宮中穿梭，並成功捕捉到了小剛用來偵查的姆克鳥。小智與小光一行人雖然只隔著一面厚實的岩牆，卻因為火箭隊封鎖了去路而無法會合。
跨越牆壁的友情力量
為了突破困境，小剛提議利用寶可夢的力量強行打通岩牆。小智與小光隔著牆壁進行協作，小光命令捲捲耳使用急凍光線將岩牆凍結使其變得脆弱，隨後不良蛙使用瓦割、長尾怪手使用高速星星、草苗龜使用飛葉快刀進行破壞。而在牆的另一邊，波加曼與泳圈鼬也使出全力，甚至連力大無窮的小福蛋也加入幫忙。在眾人與寶可夢們齊心協力下，岩牆終於被擊碎，小智一行人成功會合。
圓滿的結局
火箭隊再次現身企圖反擊，但小智指揮皮卡丘救出了被囚禁的姆克鳥，並以強大的十萬伏特將火箭隊擊飛。在眾人的共同努力下，他們終於在最後一刻趕到了寶可夢中心，小光如願以償地獲得了「硬幣翻轉」功能。最後，小光利用新功能進行硬幣投擲，決定了前往下一個目的地的方向。這場迷宮冒險雖然充滿波折，卻讓眾人與寶可夢之間的羈絆更加深厚。