武藏的童年陰影與火箭隊的陰謀
聖誕節即將到來，世界各地的孩子都在期待聖誕老人的禮物。然而，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵卻在雪山小屋佈下陷阱，企圖捕捉聖誕老人並奪走所有禮物。武藏對聖誕老人抱有深刻的怨恨，她回憶起十多年前的聖誕夜，曾有一隻迷唇姐出現在她家，卻拿走了她心愛的「阿查娃娃」，因此她深信迷唇姐就是聖誕老人的真面目，且是個會偷東西的壞蛋。
海灘上的偶遇與迷唇姐的心願
另一邊，小智、小霞與小剛在海灘上發現了一隻落單的迷唇姐。小智原本想收服牠，卻發現迷唇姐懷裡緊緊抱著一隻寫有「聖誕老人」名字的長靴。這隻迷唇姐透過心靈感應向眾人傳達意象，表示牠在實習過程中與聖誕老人走散，希望能將長靴送還。小智等人深受感動，決定製作木筏，在傑尼龜與小霞的水系寶可夢協助下，出發尋找聖誕島。而火箭隊則在暗中尾隨，打算藉此找到聖誕老人的大本營。
拉普拉斯的引導與前往聖誕島
在前往聖誕島的途中，眾人遇到了強大的海流與寒冷。此時，一隻擁有高度智慧且能使用傳心術的拉普拉斯出現了。拉普拉斯告訴小智，牠是受聖誕老人之託出來尋找失蹤的迷唇姐，並在確認小智等人是出於善意後，載著大家全速前往聖誕島。火箭隊雖然在後方辛苦划船跟蹤，但也成功抵達了被冰雪覆蓋的聖誕島。
真相大白與娃娃的歸還
抵達聖誕島後，火箭隊立刻現身抓走了迷唇姐，並闖入聖誕老人的基地企圖搶走所有禮物。武藏憤怒地指責聖誕老人當年派迷唇姐偷走她的娃娃。聖誕老人這才解釋，那隻迷唇姐當年是看到娃娃壞了，想帶回去修理，但當牠修好準備歸還時，武藏已經搬家了。迷唇姐隨即拿出了修復如新的「阿查娃娃」還給武藏，武藏深受感動，但為了火箭隊的任務，她依然決定與夥伴帶著禮物潛水艇逃跑。
聖誕奇蹟與溫馨的結局
為了奪回全世界孩子的禮物，拉普拉斯與島上的迷唇姐軍團聯手發動強大的「精神波」，成功癱瘓了火箭隊的潛水艇。小智的小火龍也補上一記火焰漩渦，將火箭隊炸飛。最後，聖誕老人乘著由小火馬拉動的雪橇出發送禮，並讓拉普拉斯送小智一行人回家。在回家途中，迷唇姐代表聖誕老人送給小智與皮卡丘聖誕禮物。而火箭隊雖然失敗了，卻在陷阱裡收到了迷唇姐的「惡魔之吻」作為特別的聖誕驚喜，度過了一個難忘的聖誕節。