抵達寶可夢原野區與守則
小智、小霞與小剛終於來到了期待已久的寶可夢原野區。在那裡，小智表現得異常興奮，甚至唱歌表達想大肆收服寶可夢的心情。然而，這番喧鬧引來了原野區管理員凱撒的不滿，他甚至掏出名為「十萬伏特」的左輪手槍威嚇三人，要求他們保持安靜並遵守規則。凱撒向眾人解釋，在原野區內只能使用指定的原野球與釣竿，且每人限制收服30隻寶可夢。
迷你龍的傳說與過往
在管理室中，小霞意外發現一張凱撒年輕時與迷你龍的合影。儘管凱撒堅決否認原野區內有迷你龍存在，但這引起了小智一行的好奇。隨後，小智撥打電話向大木博士詢問，得知了「迷你龍的傳說」：30年前，凱撒確實在此發現了傳說中的迷你龍，消息傳開後，無數貪婪的訓練家湧入原野區過度捕捉，導致當地生態荒廢。自此以後，凱撒變得性格孤僻，並建立了嚴格的捕捉限制，致力於守護這片土地。
火箭隊的挑戰與卑劣手段
與此同時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵也盯上了傳說中的迷你龍。他們現身向小智發起收服比賽，聲稱若輸了就再也不騷擾小智，實則打著失敗就奪取小智所有寶可夢的算盤。小智接受挑戰後，試圖收服獨角犀牛，卻多次被路過的肯泰羅干擾，結果意外收服了一整群的肯泰羅。另一方面，火箭隊私下綁架並折磨凱撒，利用「搔癢機器」逼問出迷你龍居住在「龍之谷」。
龍之谷的危機與哈克龍現身
火箭隊抵達龍之谷的湖泊，為了將所有寶可夢一網打盡，竟打算投下威力巨大的「水中麻痺炸彈」。小智一行趕到現場阻止，眼見凱撒不顧安危潛入湖中尋找炸彈，小智也隨即躍入水中幫忙。就在小智因氧氣耗盡陷入昏迷時，湖底突然出現了一道光芒，傳說中的寶可夢「哈克龍」現身並將小智救起。與此同時，湖面捲起巨大的龍捲風，哈克龍展現了控制天氣的強大力量，將炸彈扔回火箭隊身邊，炸飛了這群惡徒。
感人的重逢與大木博士的驚喜
風波平息後，凱撒認出這隻哈克龍正是30年前他照顧過的那隻迷你龍。哈克龍還帶著牠的孩子迷你龍一起向凱撒打招呼，這場跨越30年的重逢令在場所有人大為感動。為了保護牠們的和平生活，小智等人決定對外守住這個秘密。故事最後，當大木博士期待小智寄回新奇的寶可夢時，卻發現傳送過來的竟然整整30隻充滿活力的肯泰羅，讓研究室陷入一片混亂。