前往園藤農場
櫻木博士收到了以前的學生園藤寄來的產地直送蔬菜以及一封求助信。信中提到，園藤在兩年前開始了農耕生活，但最近田裡突然出現大量的地鼠與三地鼠啃食作物，令他十分困擾。為了協助調查，小智、小豪與小春一同前往「園藤農場」。抵達後，園藤先生熱情地請大家品嚐新鮮蔬菜，並介紹了他的搭檔——幫忙除草的霹靂電球。
地鼠的威脅與失敗的初次嘗試
眾人來到園藤農場最大的胡蘿蔔田，發現地鼠與三地鼠正成群結隊地在地底下穿梭。雖然霹靂電球努力守護，但地鼠們的速度極快且行動難以預測。小豪興奮地嘗試收服，卻因為地鼠們敏捷的動作與團隊協作而屢屢失手，甚至在混亂中誤將精靈球丟到了小智頭上。這次失敗讓小豪意識到，若要對付這些默契十足的寶可夢，他們也必須發揮團隊合作的力量。
小春的指揮與團隊協作
小豪提議由小春擔任指揮官，負責掌握全局。小春爬上高處俯瞰整個田地，預測三地鼠與地鼠的行進路線，並利用紅、藍等彩色旗幟作為標記發出指示。在小春精確的指揮下，小智與小豪成功包抄。小豪抓準時機，最終順利收服了地鼠以及作為領袖的三地鼠，暫時解除了農場的危機。
火箭隊的陰謀與激烈的地底對戰
為了查明地鼠們為何突然遷徙至農場，眾人前往對面的山丘調查，意外發現了火箭隊的蹤跡。原來武藏、小次郎與喵喵為了在山頂悠閒地培育蔬菜，利用「喵喵稻草人2號」和巨大的音響播放高分貝音樂，強行將原住在那裡的地鼠群趕走。火箭隊隨即發動攻擊，利用秘密扭蛋機喚出了螺釘地鼠與穿山王，雙方在地面與地底展開了一場激烈的攻防戰。最終在小智、小豪與小春的配合下，皮卡丘與閃焰王牌成功擊敗火箭隊，將他們打飛。
溫馨的結局與新的搭檔
戰鬥過後，眾人發現被地鼠們翻動過的土地變得格外鬆軟肥沃，反而成為最適合耕種的狀態。園藤先生利用大家幫忙採收的胡蘿蔔，製作了豐盛的咖哩與蛋糕犒賞大家。考慮到失去領袖的地鼠群會感到不安，且三地鼠能成為農業上的得力助手，小豪決定將收服的三地鼠留在農場，讓牠與地鼠們一起成為園藤先生的好夥伴。這次的農業體驗讓三人之間的友誼與默契更進了一步。