火箭隊的危機與新的決心
故事開始，火箭隊的三人組——武藏、小次郎與喵喵正忐忑不安地向坂木老大進行通訊報告。由於他們在豐緣地區的進度緩慢，祕密基地也遲遲未達成實質成果，坂木老大嚴厲警告若再無表現，將把任務移交給亞馬多與小三郎。感到前所未有壓力的三人組，決定以「新生火箭隊」的姿態重新振作，誓言要交出漂亮的成績單。
失去珍珠的跳跳豬
與此同時，小智、小遙、小勝與小剛正朝著下一個道館所在地茵郁市前進。在露營吃早餐時，眾人遇到了一隻神色慌張的跳跳豬。根據寶可夢圖鑑的說明，跳跳豬頭上的珍珠具有增強超能力的作用，一旦失去珍珠，跳跳豬就會變得虛弱且失去精神。這隻跳跳豬因為不小心將珍珠弄丟在懸崖下，焦急地將周遭所有圓形的物體都誤認為自己的珍珠，先後將路人的寶寶丁、雷電球甚至會大爆炸的電極怪搬到頭上，引發一連串混亂。小智一行人見狀，決定全力協助跳跳豬找回真正的珍珠。
火箭隊的介入與珍珠的再度失蹤
在眾人努力搜尋下，小剛的水躍魚終於找回了真正的珍珠。然而，此時火箭隊帶著新開發的捕獸網裝置現身，企圖捕捉皮卡丘。小智派出龍蝦小兵剪破陷阱，隨後小智的龍蝦小兵與小剛的水躍魚聯手使出泡沫光線與水槍，將火箭隊擊飛。但在混亂的戰鬥與爆炸中，跳跳豬的珍珠意外地掉落在被擊飛的火箭隊懷中。武藏等人發現這顆珍珠價值連城，打算將其獻給坂木老大作為晉升的賀禮。
鯉魚王大叔的狡猾騙局
火箭隊帶著珍珠來到一個正在舉行大道藝節的城鎮，巧遇了惡名昭彰的鯉魚王小販大叔。大叔這次聲稱自己已改邪歸正，並推銷一隻宣稱能進化成「世上最美寶可夢」美納斯的稀有「醜醜魚」。武藏在美納斯的誘惑與大叔虛構的家庭故事下深受感動，竟然同意用跳跳豬的珍珠交換那隻醜醜魚。然而，隨著雨水洗掉魚身上的偽裝色，火箭隊才驚覺那只是一隻被塗色的鯉魚王，再度被大叔給騙了。
奪回珍珠與最終決戰
小智一行人追蹤火箭隊來到城鎮，並在市集中發現了大叔正在重施故伎。眾人揭穿了大叔的騙局，火箭隊也憤怒地要求還回珍珠。在大叔趁亂逃跑後，火箭隊企圖強行帶走珍珠，雙方展開激烈戰鬥。武藏派出的毒粉蛾與小次郎的刺球仙人掌在戰鬥中陷入苦戰，最後小智派出煤炭龜使出強力的「過熱」招式，配合跳跳豬奪回珍珠後使出的「奇怪之光」，徹底將火箭隊打飛。最終，跳跳豬平安取回珍珠並恢復了活力，在與小智一行人依依不捨地道別後，眾人繼續踏上前往茵郁市的旅程。