偶然的避雨與不可思議的診療所
正在前往圓朱市的小智、小霞與小剛，在路途中遭遇突如其來的雷雨，為了避雨，他們進入了一座古老的宅邸。在那裡，他們遇見了利用寶可夢能力進行醫療的安娜醫生。這間診療所活用了各式各樣寶可夢的特長，例如豪力的整體按摩、圓絲蛛的絲製繃帶、咩利羊的低頻電力治療，以及安娜的超音蝠「咪咪」所進行的超音波診斷。身為寶可夢培育家的小剛對安娜醫生一見鍾情，並主動派出自己的超音蝠協助診斷，希望能成為安娜的完美夥伴。
火箭隊的入侵與地下迷宮的陷阱
就在眾人交流之際，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵為了躲雨並偷取食物而潛入宅邸。在追逐過程中，眾人不慎觸動機關，小剛、安娜醫生與火箭隊一同掉入了這座古城地底隱藏的古代迷宮。這座迷宮充滿了危險的陷阱，安娜醫生利用電腦結合超音蝠的超音波功能來探測通路。在導航過程中，火箭隊的武藏與果然翁因為急躁而不斷誤觸陷阱，反而讓眾人掌握了陷阱的運作規律。
超音蝠進化！強大超音波的威力
眾人終於透過超音波的引導找到出口時，火箭隊再次現身企圖奪走現場的所有超音蝠。在激烈的戰鬥中，小剛的超音蝠為了保護大家，在關鍵時刻進化成了大嘴蝠。進化後的大嘴蝠展現出驚人的實力，其強力的超音波讓火箭隊的寶可夢陷入混亂，最後小智命令皮卡丘使出十萬伏特，成功擊飛了火箭隊，眾人也順利從隱藏出口離開迷宮。
意外的結局與嶄新的旅程
雖然平安脫險，但安娜醫生遺憾地表示，大嘴蝠的超音波威力過於強大，甚至震壞了診斷用的電腦設備，因此無法像之前那樣用於精密的醫療工作。儘管小剛想留在診所幫忙的願望再次落空，但安娜醫生給予了小剛極高的肯定，稱讚他將大嘴蝠培育得非常優秀。最後，小智一行人告別了安娜醫生，帶著新進化的夥伴大嘴蝠，繼續朝著圓朱市前進。