獨角犀牛賽跑與布拉塔諾研究所
故事開端，在卡洛斯地區的某處，少女莎莉娜正在母親薩琪的指導下艱苦地練習獨角犀牛賽跑，但她對此感到相當排斥。與此同時，小智與皮卡丘在希特隆與尤莉嘉的帶領下，急忙趕往布拉塔諾研究所，希望能救治在與火箭隊戰鬥中受傷的泡沫蛙。抵達研究所後，布拉塔諾博士熱情地接待了他們，並透露這隻泡沫蛙因為個性獨特，曾多次被原本的訓練家退回，是一隻會主動選擇訓練家的特別寶可夢。
超進化的謎團與火箭隊的介入
布拉塔諾博士向小智一行人介紹了研究所內的烈咬陸鯊，並解釋了他正在研究的「超進化」（Mega Evolution）。這是一種超越一般進化境界、能在戰鬥中暫時提升力量並在結束後恢復原狀的特殊現象，其關鍵在於寶可夢與訓練家之間的強大羈絆以及特殊的石頭。然而，在一旁偷聽的火箭隊企圖奪取研究成果並捕捉具有超進化潛力的烈咬陸鯊。他們偽裝成研究助手闖入研究所，將一個暴走裝置環套在烈咬陸鯊的脖子上，導致烈咬陸鯊因痛苦而失去理智，發狂衝出研究所。
稜鏡塔上的空中大戰與救援
發狂的烈咬陸鯊飛到了密阿雷市的地標——稜鏡塔頂端，不斷發射破壞光線威脅城市安全。小智不顧危險決定衝向塔頂安撫烈咬陸鯊，希特隆則利用他的發明「艾帕姆手臂」幫助小智突破封鎖。在塔頂，小智拒絕攻擊烈咬陸鯊，而是溫柔地試圖讓其冷靜下來。隨後跟上的泡沫蛙利用其黏性極強的泡沫（凱羅慕斯）限制住烈咬陸鯊的行動，讓皮卡丘能精準地使用鐵尾擊碎暴走裝置。雖然成功解救了烈咬陸鯊，但皮卡丘卻不慎從塔頂墜落，小智毫不猶豫地跳下高塔救助皮卡丘。就在千鈞一髮之際，一隻神祕的超級火焰雞與其訓練家及時出現救下了他們。
新夥伴泡沫蛙與未來的冒險
事件平息後，超級火焰雞神祕消失，而這場救援行動也被電視直播傳遍了卡洛斯地區。遠方的莎莉娜在電視上看見了小智的身影，似乎認出了他。隔日，小智準備踏上道館挑戰之旅，布拉塔諾博士將卡洛斯地區的新圖鑑交給他。這時，泡沫蛙主動帶著寶貝球出現在小智面前，表達了想與小智一起旅行的意願。小智欣然接受，成功收服了他在卡洛斯地區的第一位新夥伴，與希特隆、尤莉嘉共同展開全新的冒險。